人類基因組中存在大量的重復(fù)區(qū)域，給定一段序列，如何知道這段序列在基因組中是否具有唯一比對(duì)，或者具有多個(gè)比對(duì)？
一種方法是通過(guò)bwa，通過(guò)AS和XS 標(biāo)簽判斷是否有次優(yōu)比對(duì)；但是這種方法無(wú)法知道這段序列所有可能的比對(duì)位置；
另一種方法就是blast，blast分為網(wǎng)頁(yè)版以及本地版；
網(wǎng)頁(yè)版blast
網(wǎng)址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
點(diǎn)擊Human，出現(xiàn)如下頁(yè)面； 通過(guò)左上角的菜單，可選擇比對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)的類型；另外還可以設(shè)置參卡基因組的版本；
將序列復(fù)制到文本框中，點(diǎn)擊blast；
本地版blast
1. 建立比對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)
makeblastdb? ?-in? in.fasta? ?-dbtype nucl? -parse_seqids? -out? outdatabase
2. blast比對(duì)
blastn? -query? query.fasta? -out? ?query.fasta.blast? ?-db? outdatabase -outfmt? ?6
3. 比對(duì)結(jié)果如下
格式說(shuō)明：
Query id,? Subject id, % identity, alignment length, mismatches,?gap openings, q. start，? q. end，? s. start，? s. end，? e-value，? bit score
