IGV基因組瀏覽器

輸入文件有：物種基因組序列文件、物種基因組注釋文件、轉(zhuǎn)錄本比對(duì)后的BAM文件；
以斑胸草雀為例：
-基因組注釋文件: GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.gtf
-基因組序列文件: GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.fna
-轉(zhuǎn)錄本比對(duì)文件: myBAMfile.bam
文件內(nèi)容一覽：
samtools view myBAMfile.bam | less -S 查看BAM文件內(nèi)容

bam文件內(nèi)容

第一步提取BAM文件

如果要查看所有轉(zhuǎn)錄本的比對(duì)情況基本是不現(xiàn)實(shí)的（一般上百G），受限于電腦性能無(wú)法加載這么大的bam文件，所以查看reads的比對(duì)情況一般通過(guò)提取出map到基因組的其中一個(gè)Scaffold的所有reads的bam文件。
示例從BAM文件提取斑胸草雀轉(zhuǎn)錄本比對(duì)到Scaffold NC_007897.1 的所有reads

samtools sort -@ 24 -o myBAMfile.sort.bam myBAMfile.bam &&  #bam文件排序
samtools index -@ 24 myBAMfile.sort.bam && #對(duì)排序后的bam建立索引
samtools view myBAMfile.sort.bam NC_007897.1 -O BAM -o NC_007897.1.bam  && #提取比對(duì)到  NC_007897.1 Scaffold 的reads輸出到NC_007897.1.bam
echo "FINISHED"

第二步用IGV瀏覽器瀏覽提取的reads的比對(duì)情況

打開(kāi)IGV瀏覽器，首先載入基因組文件，點(diǎn)擊Genomes選擇加載本地基因組，導(dǎo)入GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.fna文件

加載基因組

然后選擇File點(diǎn)擊Load from file選擇加載本地gtf文件，導(dǎo)入GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.gtf

加載基因組注釋文件

image.png

image.png

加載BAM文件

image.png

image.png

image.png

image.png

image.png

image.png

reds顏色標(biāo)識(shí)

根據(jù)reads名定位序列，reads窗格右鍵選擇select by names... 輸入序列名即可實(shí)現(xiàn)定位

reads定位