一、linux環(huán)境下的軟件安裝

1.了解conda

類似于軟件商店，包含許多軟件包管理器?？梢苑譃槿惣?jí)別：conda、anacanda和miniconda（主要管理的是生信方面的軟件）

2.下載miniconda

①在miniconda 清華網(wǎng)站上復(fù)制下載鏈接，在xshell上先cd ~/biosoft進(jìn)入biosoft目錄下，然后wget （右鍵粘貼）網(wǎng)址鏈接，下載完畢。

②bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，一直Enter直至要求你輸入yes,再按一次Enter，此時(shí)會(huì)出現(xiàn)如下文字

Do you wish the installer to initialize Miniconda3
by running conda init? [yes|no]

一定要按yes，否則失敗。（tips：安裝失敗就要先回到bio07主目錄下刪除miniconda3目錄，然后再重新安裝才能成功。）

③激活:輸入source ~/.bashrc，回車，在輸入conda，顯示大量信息，表示安裝成功。

④添加鏡像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

3.軟件安裝

①查看服務(wù)器里所有的軟件：conda list

②搜索所需下載的軟件：conda search fastqc，等待一段時(shí)間會(huì)呈現(xiàn)所有相關(guān)軟件

③安裝與卸載軟件：

安裝：conda install fastqc -y(y表示所有詢問回答yes，不加-y需要手動(dòng)Enter，并且不會(huì)顯示所下載和更新的具體信息，如下圖)，會(huì)顯示下載的軟件及大小。

卸載：conda remove fastqc -y

二、conda環(huán)境

1.什么是conda envirment

理解類似于見什么人說什么話，用來分析什么就要用什么特定的環(huán)境，也可以理解為分身。

2.查看已有環(huán)境：輸入conda info --envs，顯示當(dāng)前已有環(huán)境：

3.創(chuàng)建新環(huán)境：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y(不要忘了-y)

4.激活新環(huán)境：conda activate rna-seq(括弧里由base變成了rna-seq)

退出環(huán)境：conda deactivate(括弧內(nèi)又回到base)

三、思維導(dǎo)圖

今天安裝conda出現(xiàn)了問題，自己想辦法解決之后感覺好好哦！繼續(xù)加油~~