學(xué)習(xí)內(nèi)容

linux如何安裝軟件？

--第一步，簡(jiǎn)單了解conda--“l(fā)inux的應(yīng)用商店”
--第二步，給你的服務(wù)器下載conda-我們用它的精華版--miniconda就可以。
--第三步，安裝和配置miniconda
--第四步（重點(diǎn)），使用miniconda，也就是查看已安裝的軟件、搜索、安裝、卸載（生信需要的）軟件，以fastqc為例。
--第五步（選修），不同的生信實(shí)戰(zhàn)項(xiàng)目，需要定制conda的分身。

conda

conda是大Boss，最初為管理python包而建立，它是一個(gè)大的涵蓋許多領(lǐng)域的軟件包管理器。
anaconda是總管，職務(wù)比conda低，但干的活不少，也是個(gè)有內(nèi)涵的家伙。
miniconda是區(qū)域經(jīng)理，說白了就是干事的，而且比較專一，主要負(fù)責(zé)生信領(lǐng)域。

準(zhǔn)備工作：檢查有沒有bzip2

這是一個(gè)壓縮軟件(或者說命令),一般投產(chǎn)的服務(wù)器都有，但免費(fèi)的阿里云并沒有。
首先輸入bzip2，檢查有沒有這個(gè)軟件,
有的話會(huì)顯示

沒有的話，顯示報(bào)錯(cuò)（這個(gè)報(bào)錯(cuò)的意思就是沒有安裝你輸入名字的軟件或命令):

如何下載miniconda

1. 百度/谷歌搜索“miniconda” https://conda.io/miniconda.html =》你會(huì)看到linux下面有64-bit、32-bit兩種版本=〉接下來，查看自己服務(wù)器是多少位的=》安裝python3.6對(duì)應(yīng)的版本=〉右鍵-復(fù)制下載鏈接
   
2. 登陸服務(wù)器，進(jìn)入biosoft目錄
   (輸入時(shí)可以試試自動(dòng)補(bǔ)全功能--Tab鍵，在root目錄下，打出cd b，按Tab就可以自動(dòng)補(bǔ)齊。失敗可以跳過。）
   cd biosoft**
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（剛才你復(fù)制的下載鏈接)
   -c 是斷點(diǎn)續(xù)傳
   請(qǐng)記住這里的粘貼不是ctrl+c和ctrl+V了，選中，鼠標(biāo)左鍵點(diǎn)一下是復(fù)制，右鍵點(diǎn)一下是粘貼。
   
   sh是腳本（就是一個(gè)程序，后臺(tái)的代碼）文件的后綴，也就是說其實(shí)這是一個(gè)下載的腳本，如果你安裝失敗了，這個(gè)腳本是不需要重新下載的，還是可以用的。

怎么安裝miniconda?

用bash運(yùn)行這個(gè)安裝用的腳本，腳本就是你剛才下載的東西。
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
一直enter,然后出現(xiàn)
霸王條款：Do you accept the license terms? [yes|no]
當(dāng)然要yes

出現(xiàn)了路徑的配置，如果你有想安裝的路徑就輸入你自己的
【友情提示：可以放到家目錄的bashrc下，方便以后修改。輸入:/home/你的用戶名/.bashrc。只不過這種安裝完以后需要再source ~/.bashrc激活環(huán)境變量】；
如果不想自定義那就默認(rèn)吧，敲Enter繼續(xù)

不成功將miniconda這個(gè)目錄刪除，rm -r miniconda 然后從“怎么安裝miniconda”開始重來！！注意可不要重新下載啊，浪費(fèi)時(shí)間。

添加國內(nèi)鏡像—把下面的代碼一行一行復(fù)制到命令行，粘貼、回車

目的是：加快軟件下載速度【因?yàn)閏onda是國外的軟件管理器，不添加會(huì)自動(dòng)默認(rèn)從國外網(wǎng)站下載】，請(qǐng)記住這里的粘貼不是ctrl+c和ctrl+V了，是鼠標(biāo)左鍵和右鍵!

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --set show_channel_urls yes

開始使用conda

1. 查看當(dāng)前所有軟件列表 conda list
   
2. 搜索軟件 conda search fastqc 【這里以數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件fastqc為例】
3. 安裝軟件 conda install fastqc -y 【加上-y是自動(dòng)安裝，你可以試試不加-y有什么區(qū)別】
4. 卸載軟件 conda remove fastqc -y
   

(選修)不同的生信實(shí)戰(zhàn)項(xiàng)目，需要定制conda的分身。

首先理解一個(gè)叫做“conda 環(huán)境”的東西。

生信實(shí)戰(zhàn)中，需要分析轉(zhuǎn)錄組、基因組組裝、重測(cè)序等多個(gè)項(xiàng)目。每一個(gè)項(xiàng)目都需要不同的軟件，另外軟件之間的結(jié)合也是需要版本要求的，比如A項(xiàng)目你需要用a軟件V 1.0版本，但是處理B項(xiàng)目又需要用到a軟件的V 1.5版本，怎么辦？
--別想了，辦法就是分身！！按照你的項(xiàng)目，定制不同的分身，安裝不同的軟件，互不干擾。這個(gè)分身就是不同的“conda environment”。

• 先查看當(dāng)前conda有哪些環(huán)境
  conda info --envs (前面帶*的就是默認(rèn)的)

可以看到，我們目前就一個(gè)conda環(huán)境

• 比如我們要處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)了.
  先建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic（這兩個(gè)可以一步完成）
  conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  
• 創(chuàng)建完之后，再次查看一下我們的conda環(huán)境，conda info --envs ，看是不是多了一個(gè)rna-seq。但是發(fā)現(xiàn)，默認(rèn)還是base。
• 我們?cè)摷せ?strong>新的conda環(huán)境了
  source activate rna-seq ，
  這時(shí)默認(rèn)的就會(huì)轉(zhuǎn)移到rna-seq 前面；
  另外你會(huì)發(fā)現(xiàn)在用戶名root前面出現(xiàn)了(rna-seq) ;
  接著，你可以輸入fastqc試試，如果出現(xiàn)下面的一大片信息*就說明可以使用了。
  （其實(shí)這些是幫助信息，你只輸入了一個(gè)軟件名稱，沒有給它跟上操作對(duì)象，所以它不會(huì)執(zhí)行命令，就給你顯示幫助文檔讓你看看。）
• 如何卸載一個(gè)環(huán)境中的軟件
  卸載某個(gè)軟件 conda remove -n rna-seq fastqc -y
  全部卸載，也就是卸載這個(gè)環(huán)境
  先停用source deactivate
conda remove -n rna-seq --all 或
  conda env remove -n rna-seq
  再輸入y