生信入門(mén)第三天學(xué)習(xí)的是Linux環(huán)境下的軟件安裝。主要包括：首先檢查有沒(méi)有bzip2，其次下載miniconda，隨后安裝、激活miniconda、添加鏡像。完成所有準(zhǔn)備工作后，開(kāi)始使用miniconda查看已安裝的軟件、搜索、安裝、卸載軟件，定制conda的分身。
以下內(nèi)容來(lái)自微信公眾號(hào)生信星球
- 檢查服務(wù)器有沒(méi)有bzip2
- bzip2 是一個(gè)壓縮軟件（或者說(shuō)命令）
首先輸入bzip2，檢查有沒(méi)有這個(gè)軟件。
若沒(méi)有，輸入yum install -y bzip2 安裝。顯示complete 提示安裝完畢
- 下載miniconda
- miniconda官網(wǎng)下載linux下與自身服務(wù)器適應(yīng)的版本，右鍵復(fù)制下載鏈接
登陸服務(wù)器，進(jìn)入biosoft目錄,即 cd biosoft
（輸入時(shí)可以試試自動(dòng)補(bǔ)全功能，鍵盤(pán)上的Q前面那個(gè)Tab鍵，你在root目錄下，打出cd b，按Tab就可以自動(dòng)補(bǔ)齊） - 用
wget命令
wget 鼠標(biāo)右鍵點(diǎn)一下粘貼剛才復(fù)制的下載鏈接（linux下鼠標(biāo)左鍵點(diǎn)一下是復(fù)制）(***************.sh) - sh是腳本（就是一個(gè)程序，后臺(tái)的代碼）文件的后綴，也就是說(shuō)其實(shí)這是一個(gè)下載的腳本，如果你安裝失敗了，這個(gè)腳本是不需要重新下載的，還是可以用的。
- 安裝、激活miniconda、添加鏡像
- 使用命令 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 安裝
一路enter,看到do you accept the liscense terms?
輸入 yes
敲回車(chē)
等安裝完成后，看到 do you wish the installer to pretend ... 輸入yes
提示安裝成功 - 激活miniconda
使用命令 source ~/.bashrc 來(lái)激活conda
隨后，命令行輸入conda，出現(xiàn)滿屏的信息說(shuō)明成功了，出現(xiàn)一行簡(jiǎn)短的報(bào)錯(cuò)說(shuō)明失敗，需要將miniconda這個(gè)目錄文件夾刪除，重新開(kāi)始安裝。切勿刪除下載的程序 - 添加鏡像
把下面的代碼一行一行復(fù)制到命令行，粘貼、回車(chē)（復(fù)制、粘貼在linux下是點(diǎn)左鍵、點(diǎn)右鍵）
使用清華鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
- 使用miniconda
- conda list 查看當(dāng)前所有軟件列表
- conda search fastqc 搜索軟件（以fastqc為例），
- conda install fastqc -y 安裝軟件，若需要指定版本，則conda install fastqc=0.11.7 -y。加上 -y指自動(dòng)安裝
- conda remove fastqc -y 卸載軟件
- conda分身
- 分身就是不同的“conda environment”
-
conda info --envs 查看當(dāng)前conda有哪些環(huán)境（前面帶*的就是默認(rèn)的）
-假設(shè)，目前只有一個(gè)環(huán)境，以我們要處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為例，需要建立新的環(huán)境。 - conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y 建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic（兩個(gè)可以一步完成）
- conda info --envs 查看conda環(huán)境，發(fā)現(xiàn)多了一個(gè)rna-seq。但是默認(rèn)還是base
-
conda activate rna-seq 激活新的conda環(huán)境。此時(shí)，*就移動(dòng)到 rna-seq 前面
-另外你會(huì)發(fā)現(xiàn)在用戶名root前面出現(xiàn)了(rna-seq)
- fastqc 輸入，下面會(huì)出現(xiàn)一大片信息，提示可用。
- conda remove -n rna-seq fastqc -y 卸載環(huán)境中的fastqc軟件
- conda deactivate 退出當(dāng)前環(huán)境
- conda remove -n rna-seq --all 卸載環(huán)境全部文件
學(xué)習(xí)方法.png
