1、mol
概述
mol 格式是一種用于表示分子結(jié)構(gòu)的文件格式，最初由 MDL Information Systems 開發(fā)，廣泛應(yīng)用于化學(xué)和藥物設(shè)計等領(lǐng)域。(適用于小分子的結(jié)構(gòu)表示)
文件結(jié)構(gòu)
標(biāo)題行：通常包含關(guān)于分子的簡單描述信息，如分子名稱等。
原子信息部分：依次列出每個原子的詳細(xì)信息，包括原子序號、原子類型、坐標(biāo)（X、Y、Z）等。例如：1 C 0.0000 0.0000 0.0000 表示序號為 1 的碳原子，其坐標(biāo)為原點。
化學(xué)鍵信息部分：描述原子之間的化學(xué)鍵連接情況，包括鍵的類型、連接的兩個原子序號等。例如：1 2 1 可能表示原子 1 和原子 2 之間存在單鍵。
其他信息：可能還會包含一些其他的可選信息，如電荷、分子軌道等數(shù)據(jù)。
支持渲染的插件
kekule.js 、3dmol.js ....
2、pdb
概述
PDB（Protein Data Bank）格式是一種廣泛用于存儲生物大分子（如蛋白質(zhì)、核酸等）三維結(jié)構(gòu)的文件格式。（適用于生物大分子，特別是蛋白質(zhì)和核酸的結(jié)構(gòu)存儲）
文件結(jié)構(gòu)
頭部信息：包含了關(guān)于結(jié)構(gòu)的各種元數(shù)據(jù)，如結(jié)構(gòu)的名稱、作者、來源、解析方法等。例如，HEADER 字段后面跟著蛋白質(zhì)的名稱和相關(guān)的實驗方法。
原子信息：每行代表一個原子，包含原子的序號、名稱、所在的氨基酸殘基名稱、殘基序號、坐標(biāo)等信息。例如：ATOM 1 N ALA 1 10.000 20.000 30.000 表示這是一個屬于丙氨酸（ALA）殘基、序號為 1 的氮原子，位于坐標(biāo)（10.000，20.000，30.000）處。
連接信息：通過特定的記錄類型來描述原子之間的連接關(guān)系，如 CONECT 記錄會列出每個原子與其他原子的連接情況。
其他信息：還可能包含二級結(jié)構(gòu)信息、配體信息、晶體學(xué)數(shù)據(jù)等。
支持渲染的插件
3dmol.js....
