????50%的分子機制研究中會涉及轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合到靶基因的啟動子區(qū)域調(diào)控基因的表達，是基因表達量改變最重要的調(diào)控方式。我們在研究circRNA, lncRNA, miRNA, m6A， mRNA等任何調(diào)控類分子時，其最終靶標都會選擇mRNA。那么最佳的mRNA靶基因便是轉(zhuǎn)錄因子，我們希望預(yù)測circRNA等調(diào)控的轉(zhuǎn)錄因子，轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的靶基因。

預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子靶標的方法無非以下三種：

???? 1. 通過motif預(yù)測的，比如JASPAR網(wǎng)站，這種分析是基于motif預(yù)測，基于序列的特征預(yù)測，這只能說明，序列上可以結(jié)合，但并不意味著，實驗情況下的組織或者細胞正在發(fā)生這樣的結(jié)合過程。

2. 第二大類預(yù)測是基于chipseq的數(shù)據(jù)，比GTRD數(shù)據(jù)庫

http://gtrd.biouml.org/，轉(zhuǎn)錄因子靶基因互相預(yù)測全網(wǎng)最全，沒有之一對每一個轉(zhuǎn)錄因子捕獲他們結(jié)合的DNA序列進行測序，定位，找到潛在的結(jié)合靶標， 這個方法的確可以找到實時結(jié)合的，可是，通常只對實驗組進行chipseq，對照組是不是也結(jié)合呢？如果實驗組、對照組同時結(jié)合，我們不認為這樣的關(guān)系影響著細胞/組織疾病狀態(tài)改變。

??? 3. 第三種找靶標的方法是對轉(zhuǎn)錄因子進行過表達敲低，做RNAseq，可以找到差異表達的基因，這些基因我們可以認為是其潛在靶標，可問題是，差異基因可能是其直接間接靶標，畢竟基因上下游關(guān)系千絲萬縷，不是線性的。

??? 那么有沒有一個比較好的方案可以解決呢，我們在前段時間討論找某個分子的靶標時，研讀了大量文獻，結(jié)合我們項目經(jīng)驗發(fā)現(xiàn)，結(jié)合chipseq數(shù)據(jù)及RNAseq數(shù)據(jù)可以比較好的確定靶標。B站視頻鏈接：https://www.bilibili.com/video/BV1iA411H7RU

那么這些數(shù)據(jù)從哪里找呢？

? ? 本期我們討論轉(zhuǎn)錄因子找靶標，結(jié)合chipseq分析及RNAseq分析。

以下是視頻錄屏鏈接，有需要的老師可以觀看。

B站?超清鏈接?：

上：https://www.bilibili.com/video/BV1Ph411Q7X9

下：https://www.bilibili.com/video/BV1KV411v74p

主要討論內(nèi)容：