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文章題目：Prognostic and Predictive Value of a 15 Transcription Factors (TFs) Panel for Hepatocellular Carcinoma（PMID: 33293862）
研究背景：
肝細(xì)胞癌（HCC）是全球最具破壞力的疾病之一。臨床病理參數(shù)作為預(yù)后因素的作用有限，強(qiáng)調(diào)了用于高置信度預(yù)后的更準(zhǔn)確和有效的生物標(biāo)志物，可指導(dǎo)決策對(duì)HCC的最佳治療。本研究的目的是建立一個(gè)新的小組來改善HCC患者的預(yù)后預(yù)測(cè)，特別是對(duì)轉(zhuǎn)錄因子（TFs）感興趣。
研究方法：
通過單因素和多因素Cox回歸分析，依次獲得了來自ICGC-LIRP-JI隊(duì)列的TF相關(guān)肝癌預(yù)后模型。然后，為了評(píng)估模型的預(yù)后價(jià)值，使用國(guó)際癌癥基因組協(xié)會(huì)（ICGC）的內(nèi)部數(shù)據(jù)和癌癥基因組圖譜（TCGA）的外部數(shù)據(jù)進(jìn)行了受試者工作特征（ROC）曲線和生存分析。此外，我們通過Western印跡和qPCR驗(yàn)證了肝癌患者樣本中HCC細(xì)胞系中三個(gè)基因的表達(dá)以及IHC的蛋白質(zhì)表達(dá)水平。最后，我們構(gòu)建了TF臨床特征列線圖，以進(jìn)一步預(yù)測(cè)TCGA隊(duì)列的肝癌患者生存率。
研究結(jié)果：
通過Cox回歸分析，確定了15個(gè)TF（ZNF331，MYCN，AHRR，LEF1，ZNF780A，POU1F1，DLX5，ZNF775，PLSCR1，F(xiàn)OXK1，TAL2，ZNF558，SOX9，TCFL5，GSC）的面板具有強(qiáng)大的預(yù)測(cè)性能 基于內(nèi)部ICGC隊(duì)列和外部TCGA隊(duì)列的HCC患者總體生存率。建立了一個(gè)綜合了這些因素的列線圖，可以有效預(yù)測(cè)生存率并顯示更高的臨床效用。
研究結(jié)論：
這15-TF是肝癌的獨(dú)立預(yù)后因素，而基于15 TF的列線圖可能為HCC患者管理和治療提供了一種有效的方法。
具體分析內(nèi)容：
1、批量進(jìn)行TF單因素cox回歸，然后篩選變量構(gòu)建模型
2、ICGC數(shù)據(jù)進(jìn)行外部驗(yàn)證模型
3、篩選部分轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證
5、臨床因素結(jié)合risk score構(gòu)建模型
6、根據(jù)臨床因素繪制生存曲線
發(fā)布于昨天 18:26
