?????? 隨著腸道菌群宏基因組研究的興起，研究者通過提取腸道全部微生物基因組DNA，構(gòu)建宏基因組文庫，對(duì)菌群多樣性和功能活性、種群結(jié)構(gòu)、協(xié)作關(guān)系、與腸道間關(guān)系、進(jìn)化關(guān)系進(jìn)行研究，可以進(jìn)一步揭示人體與腸道菌群的相互關(guān)系、作用規(guī)律和與疾病的關(guān)系。宏基因組研究囊括了所有細(xì)菌、真菌的全部基因組DNA，通過克隆、測(cè)序、異源表達(dá)，篩選目的基因及其產(chǎn)物。

?????? 其中很重要的一步就是糞便DNA提取，一般試劑盒都是采用離心柱法進(jìn)行基因組DNA提取。那么，如何選擇離心柱法糞便DNA提取試劑盒？

?????? 一、較高的DNA提取得率。離心柱法糞便DNA提取得率的高低主要取決于三個(gè)因素：離心柱對(duì)核酸的吸附能力、洗脫液的洗脫能力、裂解液的裂解消化能力。吸附性能好、裂解消化能力強(qiáng)、洗脫能力好，DNA提取得率就高；反之，DNA提取得率就低。一般采用紫外分光光度法進(jìn)行DNA提取得率的測(cè)定，但結(jié)果只能作為得率的參考標(biāo)準(zhǔn)，最好還是要進(jìn)行PCR或熒光定量檢測(cè)。

???????糞便樣本量與DNA提取得率成正比，提高DNA得率可通過增加樣本量來實(shí)現(xiàn)。一般取180-220mg糞便樣本（最好不超過220mg，可以根據(jù)不同試劑盒說明操作）進(jìn)行DNA提取，如結(jié)果不理想可考慮增加樣本量。如果增加樣本量還不能獲得理想結(jié)果，應(yīng)及時(shí)考慮更換試劑盒。

???????目前國內(nèi)常用的糞便DNA提取試劑有國外品牌Q，國產(chǎn)品牌Biog和T等。我們實(shí)驗(yàn)室的經(jīng)驗(yàn)是，Q公司試劑盒糞便DNA提取得率，一般180-220mg糞便樣本在10-50ug，樣本個(gè)體差異以及保存條件不同使得率有所不同。Biog與Q的DNA提取得率相近，200mg糞便樣本在5-50ug之間；T公司DNA得率稍低，180-220mg糞便樣本在5-30ug，但基本都能滿足下游PCR實(shí)驗(yàn)的要求。

????? 二、DNA提取純度高。一般主要通過OD260/OD280比值來估計(jì)核酸純度，該比值的正常范圍應(yīng)在1.6--1.8之間。如果該比值小于1.6，通常說明有蛋白質(zhì)或酚、多糖等的污染；如果該比值大于1.9，則表明有RNA污染。

?????? 不同品牌的糞便DNA試劑盒提取的DNA純度略有差別，國產(chǎn)試劑盒Biog和T的DNA提取純度差不多，都可直接應(yīng)用于基因檢測(cè)、PCR、qPCR、分子雜交、基因測(cè)序等。Q的純度略高，一般在1.7-1.9，除了以上應(yīng)用，還可用于對(duì)純度要求略高的實(shí)驗(yàn)等。

??????? 三、客戶實(shí)驗(yàn)需求以及產(chǎn)品價(jià)格?？蛻暨x購產(chǎn)品一般可以結(jié)合各自實(shí)驗(yàn)室的經(jīng)費(fèi)情況以及實(shí)驗(yàn)需求。對(duì)于絕大多數(shù)實(shí)驗(yàn)如PCR、qPCR、基因檢測(cè)、分子雜交等，Biog、T等國產(chǎn)試劑盒都能滿足質(zhì)量要求，而且價(jià)格相對(duì)國外品牌便宜（國產(chǎn)試劑盒的價(jià)格一般只有國外品牌價(jià)格的30%），性價(jià)比高。對(duì)于經(jīng)費(fèi)有限的課題研究或樣本量較大的臨床檢測(cè)項(xiàng)目，建議選用國產(chǎn)試劑盒。對(duì)提取DNA的純度要求相對(duì)較高的研究如文庫構(gòu)建等，可考慮Q等國外知名品牌。

?????? 綜上，在DNA提取得率上，國內(nèi)試劑盒與國外品牌差別不大；在DNA提取純度上，與國外知名品牌相比，國產(chǎn)試劑盒略有不足，但不影響下游PCR擴(kuò)增以及分子雜交類實(shí)驗(yàn)；在價(jià)格方面，國產(chǎn)試劑盒具有比較明顯的優(yōu)勢(shì)。如果經(jīng)費(fèi)有限或下游做PCR、qPCR、分子雜交、測(cè)序等實(shí)驗(yàn)，可考慮性價(jià)比較高的Biog、T等國產(chǎn)品牌；如果經(jīng)費(fèi)充足，DNA純度要求較高，則可考慮Q等國外知名品牌。