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一般來說，在一個生信有關(guān)的項目快接近尾聲的時候，我們需要及時地將項目中所涉及到的分析數(shù)據(jù)進行上傳，以得到一個可公開的、可查詢的、用于發(fā)表的項目編號，這一般對于大多數(shù)期刊來說都是需要的。

目前，可供研究人員上傳數(shù)據(jù)的網(wǎng)站也有不少，如大家常見的NCBI就是其中之一，而國內(nèi)出名的如國家基因組科學數(shù)據(jù)中心在近些年也得到了廣泛的關(guān)注和使用。值得注意的是，針對不同類型的分析數(shù)據(jù)類型（原始測序數(shù)據(jù)、基因組組裝數(shù)據(jù)、變異數(shù)據(jù)、代碼等等），大家可以選擇的網(wǎng)站是不同的，本系列將和大家主要介紹一下當前幾個可以進行數(shù)據(jù)上傳/分享的網(wǎng)站或數(shù)據(jù)庫以及如何上傳數(shù)據(jù)的具體方法。

首先要介紹的是來自美國的NCBI，全名為National Center for Biotechnology Information，是生物醫(yī)學領(lǐng)域最常見的數(shù)據(jù)庫之一

網(wǎng)站框架

整個網(wǎng)站可分為6個模塊：

數(shù)據(jù)提交(Submit)，選擇提交自己的數(shù)據(jù)到該網(wǎng)站下的兩個主要數(shù)據(jù)庫：GenBank 和 SRA。其中的GenBank是國際核苷酸序列數(shù)據(jù)庫合作組織的一部分，該組織由日本的DNA DataBank of Japan (DDBJ)、歐洲的European Nucleotide Archive(ENA)和NCBI的GenBank組成。這三大數(shù)據(jù)庫之間每天都會相互交換數(shù)據(jù)。
數(shù)據(jù)下載(Download)，提供了FTP、Aspera以及SRA Toolkit等工具幫助下載數(shù)據(jù)到本地
幫助文檔(Learn)，提供了各種文檔說明和使用教程
應用開發(fā)(Develop)，幫助開發(fā)人員接入網(wǎng)站提供的API進行二次開發(fā)
功能分析(Analyze)，常見的諸如序列比對工具BLAST、引物設(shè)計工具Primer-Blast等
研究探索(Research)，對NCBI計算生物學分支(NCBI Computational Biology Branch, CBB)相關(guān)的研究介紹

網(wǎng)站資源

所提供的數(shù)據(jù)資源如下：

化學和生物試驗
數(shù)據(jù)下載和軟件
DNA/RNA
保守結(jié)構(gòu)域和3D結(jié)構(gòu)
基因表達
遺傳學和醫(yī)學
基因組
同源蛋白
文獻
蛋白質(zhì)
序列分析
物種分類
教程
遺傳變異

數(shù)據(jù)上傳

數(shù)據(jù)上傳方法：

第一步，打開NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)。點擊Submit，然后會被導航到新的頁面 (https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/)

第二步，選擇提交的數(shù)據(jù)庫。往下滑動的過程中，選擇一個合適的數(shù)據(jù)庫進行數(shù)據(jù)提交，這里以SRA為例，點擊Submit即可

第三步，登錄。在點擊Submit之后，會繼續(xù)導航到新的頁面，并可能看到如下提示，這是在提示你需要先登錄NCBI然后再進行數(shù)據(jù)提交，目前NCBI支持微軟賬號直接登入。

在完成登錄后，我們可以看到如下頁面，里面有幾條關(guān)于數(shù)據(jù)提交要求的描述，如壓縮文件需要使用gzip或bzip2格式，而不能使用zip格式；文件名要是唯一的，且不能包含敏感詞匯；每個需要提交的文件都必須填寫在表里；大于10GB或300個文件的時候，選擇使用preload選項；所有需要提交的文件都需要在單個文件夾里，并只能和單次提交關(guān)聯(lián)

第四步，創(chuàng)建新的提交。點擊右上角的New submission，按照提示，完成以下幾個步驟
1. 提交者信息填寫，完成之后點擊continue
2. 通用信息填寫，包括3個部分：是否已創(chuàng)建BioProject、是否已創(chuàng)建BioSample以及數(shù)據(jù)釋放日期，如果BioProject和BioSample事先都沒有創(chuàng)建的話，NCBI會在之后自動創(chuàng)建，所以不必返回重新創(chuàng)建，完成之后點擊continue
3. 項目信息填寫，包括項目標題、描述、資助來源，完成之后點擊continue
4. 樣品信息簡單描述，包括物種名、物種分類等等，完成之后點擊continue
5. 樣品列表上傳，此時我們只需要按照NCBI提供的文件模板填寫完上傳即可，其中綠色標注的字段是必填項，藍色標注的字段是至少填一項，黃色標注的字段是可選項，完成之后點擊continue，NCBI會自動對文件進行校驗，沒有錯誤則通過，否則需要修改后重新提交
  
  需要注意的是，除了樣品名(sample name)、樣品標題(sample title)、項目號(bioproject accession)以及項目描述(description)之外，其他字段信息的組合必須能夠用于區(qū)分每個樣品，解決方法就是多添加幾個字段屬性，并描述一些每個樣品獨有的特征，如分組、編號、來源、生物重復信息等等
6. SRA元數(shù)據(jù)填寫，即樣品上傳文件詳細信息描述，完成之后點擊continue
7. 選擇文件上傳方法，一般會提供以下3種方法：
  
  選擇第2種方法，并點擊下方的Request preload folder按鈕，會出現(xiàn)以下選擇
  
  選擇Aspera command line instruction，會出現(xiàn)Aspera的使用教程，主要包括三步：
  1. 下載安裝Aspera軟件
  2. 點擊key file下載密鑰文件aspera.openssh
  3. 使用Aspera軟件中的ascp命令上傳單個文件夾內(nèi)的所有文件
  值得注意的是，在文件上傳完后（至少10分鐘后才能看到自己上傳的文件），需要返回該頁面，然后點擊Select preload folder選擇一個文件夾，最后點擊continue。此外，在該步驟的末尾處，NCBI也提供了自動提交的選項，大家可以按需選擇
8. 檢查之后提交
第五步，等待郵箱，獲取編號