Aspera 上傳基因組數(shù)據(jù)到NCBI

完成基因組后,需上傳數(shù)據(jù),比如到NCBI,這一步可以選擇Aspera進(jìn)行操作

上傳基因組或者原始數(shù)據(jù)一般流程如下

1、 注冊(cè)NCBI賬號(hào)

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/,點(diǎn)擊“ Register for a NCBI account”,進(jìn)入到注冊(cè)頁面,如實(shí)填寫信息。(盡量使用項(xiàng)目提交人的信息進(jìn)行注冊(cè))

2、創(chuàng)建BioProject

https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/bioproject/,在界面上選擇 new submission ,依次填寫SUBMITTER、PROJECT TYPE、TARGET、GENERAL INFO等信息,后面的BIOSAMPLE和PUBLICATIONS兩個(gè)界面可以不寫相關(guān)信息,都直接點(diǎn)Continue,進(jìn)入OVERVIEW界面。如果有問題可返回修改,沒問題的話即可點(diǎn)擊submit提交。
創(chuàng)建成功后,再次進(jìn)入該網(wǎng)址,會(huì)出現(xiàn)BioProject編號(hào),以PRJNA開頭,可放在文章中。(注冊(cè)人的郵箱會(huì)收到相關(guān)郵件)

3、創(chuàng)建BioSample

https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/biosample/,在界面選擇 new submission。大致提交過程如下截圖所示,最終提交完成后,每個(gè)樣本會(huì)有一個(gè)樣本編號(hào),以SAMN開頭,用于后面提交原始數(shù)據(jù)。

4、上傳基因組數(shù)據(jù)

使用aspera

  • 下載
    點(diǎn)擊此處去下載
tar -xf aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.tar
./aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.sh

根據(jù)提交提示,下載key file,并進(jìn)行上傳數(shù)據(jù),上傳命令根據(jù)提示即可


需要注意,將-i 參數(shù)后到內(nèi)容替換key file;
-d 參數(shù)后添加需要上傳到文件,
完成以后,點(diǎn)擊select preload folder即可,如果沒看到上傳內(nèi)容,稍等刷新即可。

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