知識點(diǎn)

• FRGs：Ferroptosis-related genes, 鐵死亡相關(guān)基因，作者從FerrDb數(shù)據(jù)庫收集256種鐵死亡相關(guān)的基因。

胰腺癌數(shù)據(jù)集

此處有一疑問，GSE21501是Agilent雙色芯片，作者是怎么處理得到的表達(dá)矩陣，然后進(jìn)行驗(yàn)證的？

摘要

作者根據(jù)差異表達(dá)的鐵死亡相關(guān)基因，構(gòu)建胰腺癌的預(yù)后模型，并用GSE21501和ICGC-PAAD進(jìn)行外部驗(yàn)證，并求FRG signature與免疫浸潤的相關(guān)性，最后用RT-PCR和HPA驗(yàn)證構(gòu)建模型基因基因的表達(dá)。

整體思路

Fig.1

結(jié)果

1.差異分析+富集分析

Fig.2

2.模型構(gòu)建及驗(yàn)證

作者根據(jù)TCGA+PAAD構(gòu)建模型，并在GSE21501和ICGC中驗(yàn)證。

Fig.3

Fig.4

3.模型周邊

風(fēng)險(xiǎn)評分與Cibersort評分的相關(guān)性，與免疫檢查點(diǎn)的關(guān)系，同時對高低風(fēng)險(xiǎn)組進(jìn)行富集分析。

Fig.6

4.模型基因驗(yàn)證

作者選取10對臨床標(biāo)本，進(jìn)行外部驗(yàn)證，同時用HPA數(shù)據(jù)驗(yàn)證蛋白表達(dá)。

Fig.7

Fig.8

亮點(diǎn)

• 從FerrDb收集鐵死亡相關(guān)基因，并收集臨床樣本驗(yàn)證構(gòu)建模型基因的表達(dá)。

拓展

構(gòu)建模型基因的分析可以展開：例如，

1. 突變+CNV+甲基化；
2. PPI+相關(guān)性分析；
3. HPA+CPTAC+CCLE

模型構(gòu)建后也可以展開：

• 靶向藥物預(yù)測（Cmap+IC50預(yù)測）
• 免疫治療反應(yīng)（TIDE+submap）

參考鏈接：
The construction and analysis of a ferroptosis-related gene prognostic signature for pancreatic cancer