知識(shí)點(diǎn)

• FRGs: Ferroptosis-related genes, 鐵死亡相關(guān)基因
• IRGs: Immune-related genes, 免疫相關(guān)基因
• CIFI: comprehensive index of ferroptosis and immue status, 鐵死亡免疫指數(shù)
• FerrDb: 鐵死亡相關(guān)基因數(shù)據(jù)庫，作者通過人工查找總結(jié)的鐵死亡相關(guān)基因的數(shù)據(jù)庫。
• ImmPort：免疫相關(guān)基因數(shù)據(jù)庫，相對比較全面的免疫相關(guān)基因數(shù)據(jù)庫。

鐵死亡相關(guān)基因入選標(biāo)準(zhǔn)：(a) the inhibitor(s) or activator(s) of the gene could regulate ferroptosis; (b) the over-expression or down-regulation of the gene could regulate ferroptosis. Non-coding RNAs (ncRNAs) and markers of ferroptosis were not included. A total of 283 FRGs were identified, and are summarized in Supplementary Table 1.

肝癌數(shù)據(jù)集

亮點(diǎn)

• 鐵死亡&免疫相關(guān)基因聯(lián)合分析

整體思路

摘要

作者整理了283個(gè)鐵死亡相關(guān)基因和952個(gè)免疫相關(guān)基因，隨后在GSE14520中進(jìn)行單因素cox回歸和Lasso，共確定27個(gè)基因構(gòu)建預(yù)后模型。并在TCGA數(shù)據(jù)庫中驗(yàn)證模型的可靠性。隨后進(jìn)行模型周邊探索，首先確定高CIFI中鐵死亡抑制因子表達(dá)增高，而na?ve B cells, resting mast cells, monocytes, resting natural killer (NK) cells, na?ve CD4 T cells, and CD8 T cells下調(diào)，基因突變+TMB,并進(jìn)行單因素和多因素獨(dú)立預(yù)后分析。

結(jié)果

1.模型構(gòu)建

1.1基因初篩

首先對FRGs和IRGs基因進(jìn)行篩選

Fig.1

1.2 模型構(gòu)建

Unicox和Lasso構(gòu)建模型，并對模型基因構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)和PCA分析。

Fig.2

Fig.3

2.模型驗(yàn)證

Fig.4

3.模型周邊

3.1 模型特征探索

因?yàn)樽髡咭氲氖氰F死亡和免疫基因，所以作者選取了鐵死亡抑制因子和免疫細(xì)胞浸潤情況進(jìn)行展示，并對高低風(fēng)險(xiǎn)組進(jìn)行富集分析。

Fig.5

Fig.6

3.2 突變+TMB

以上信息都是在轉(zhuǎn)錄組水平轉(zhuǎn)悠，下面到基因突變和TMB家串個(gè)門兒。

Fig.7

3.3 獨(dú)立預(yù)后分析

最后來下子獨(dú)立預(yù)后分析，證明這個(gè)預(yù)后模型很牛！

Fig.8

Fig.9

總結(jié)

本文聯(lián)合兩大熱點(diǎn)鐵死亡和免疫，構(gòu)建預(yù)后模型，并對模型周邊進(jìn)行探索，思路比較新穎，可以加上一致性聚類，mRNAsi，免疫檢查點(diǎn)+免疫治療反應(yīng)，候選藥物+MoAs豐富文章內(nèi)容。甚至可挑選比較好的基因進(jìn)行功能驗(yàn)證。

類似文章：
Identification and validation of a combined hypoxia and immune index for triple‐negative breast cancer. 6.572分

參考鏈接：
Development and Validation of a Combined Ferroptosis and Immune Prognostic Classifier for Hepatocellular Carcinoma