02準(zhǔn)備
- Perl處理文本內(nèi)容強大；用R畫圖
- R路徑千萬不要有英文和空格
03數(shù)據(jù)下載
- 推薦使用UCSC Xena下載
- GDC TCGA數(shù)據(jù)下載，基因表達選擇FPKM，臨床數(shù)據(jù)和生存數(shù)據(jù)
- 表達數(shù)據(jù)可以下載表達矩陣
- 所有腫瘤都是下載這三個數(shù)據(jù)
- 免疫亞型數(shù)據(jù)
- 干細胞打分數(shù)據(jù)
TCGA有兩套數(shù)據(jù)，GDC與官網(wǎng)最接近（轉(zhuǎn)錄組，臨床，生存在這兒下載），下面的TCGA才有樣品的免疫亞型與干細胞打分（pan-cancer,Immune Model,下載表格；干細胞指數(shù)，DNA甲基化與RNA數(shù)據(jù)的兩個表格）
04id轉(zhuǎn)換
- 表達數(shù)據(jù)id轉(zhuǎn)換
- ensemble id轉(zhuǎn)化為基因名稱
- 其他盤運行Perl腳本先進入磁盤，運行完一個就會出現(xiàn)一個文本文件
05提取目標(biāo)基因
- 把目標(biāo)基因名稱放進去得到基因列表
- 輸入文件為symbol.txt
06泛癌基因表達水平
繪制箱線圖，查看泛癌腫瘤樣品當(dāng)中的基因表達水平
07泛癌差異分析
基因在哪些腫瘤里面是具有差異的
08泛癌差異分析熱圖
- 橫坐標(biāo)基因，縱坐標(biāo)腫瘤
- 輸入文件為泛癌基因表達文件
- 對腫瘤進行循環(huán)
-
檢驗方法是wilcox檢驗，非參檢驗
熱圖
13免疫亞型分析
- 表達輸入文件
- 免疫分型文件
16腫瘤干細胞相關(guān)性RNAss
- 基于表達數(shù)據(jù)計算的干細胞相關(guān)性打分
- 相關(guān)性圖形不一樣的，這個是以小球的藍色和紅色為標(biāo)準(zhǔn)的
- 打分越高說明干細胞含量越多，腫瘤分化程度越低
17腫瘤干細胞相關(guān)性DNAss
- 基于甲基化數(shù)據(jù)得到的干細胞指數(shù)
- 依舊是多基因的和腫瘤的
