01簡介
- OS,DSS,DFI,PFI分析
- 腫瘤突變負(fù)荷
- 微衛(wèi)星不穩(wěn)定性
- 腫瘤微環(huán)境
- 免疫細(xì)胞浸潤
- 基因共表達(dá)
- GSEA富集分析
研究內(nèi)容
TCGA的33個癌癥類型
工具
- Perl—正則表達(dá)式強(qiáng)大
- R—統(tǒng)計
- Bioconductor—生信
數(shù)據(jù)下載
- 官網(wǎng)下載比較麻煩，通過UCSC Xena下載，ensembl_ID進(jìn)行轉(zhuǎn)換
- TCGA名稱，第四個0為腫瘤1為正?；虬┡?/li>
-
目標(biāo)基因得到矩陣
矩陣
差異分析結(jié)果
生存分析輸入文件
根據(jù)基因表達(dá)分成兩組
生存分析圖
cox基因表達(dá)為連續(xù)量
OS
HR值大于1說明為高風(fēng)險因素，HR值小于1說明為低風(fēng)險因素。
疾病相關(guān)生存DSS
無病間隔（disease-free interval,DFI)
無進(jìn)展間隔（progression-free interval，PFI）
臨床相關(guān)性分析-分期與基因表達(dá)
臨床相關(guān)性
計算腫瘤突變負(fù)荷
得到TMB相關(guān)性分析，得到顯著性之后做雷達(dá)圖
雷達(dá)圖
MSI微衛(wèi)星不穩(wěn)定性腫瘤細(xì)胞內(nèi)由于重復(fù)單位插入缺失導(dǎo)致的微衛(wèi)星不穩(wěn)定性
MSI相關(guān)性雷達(dá)圖
腫瘤微環(huán)境基質(zhì)細(xì)胞打分，免疫細(xì)胞打分，總打分
該打分是一個總的打分，沒有具體的免疫細(xì)胞的含量
腫瘤微環(huán)境相關(guān)性分析
免疫細(xì)胞浸潤
得到每種具體免疫細(xì)胞的含量
免疫細(xì)胞與基因表達(dá)相關(guān)性分析
基因共表達(dá)
基因與腫瘤的相關(guān)系數(shù)做相關(guān)性檢驗得到P值，得到顯著性與相關(guān)系數(shù)的熱圖
共表達(dá)熱圖
GSEA富集分析
得到基因與通路相關(guān)性的關(guān)系
GSEA富集分析
基因表達(dá)越高通路越活躍
