一般,孟德?tīng)栯S機(jī)會(huì)用UKB的數(shù)據(jù)作為訓(xùn)練集,用芬蘭的數(shù)據(jù)庫(kù)作為驗(yàn)證集,如果想直接在R語(yǔ)言里面用在線的數(shù)據(jù)庫(kù)的話,可以直接用IEU數(shù)據(jù)庫(kù)(https://gwas.mrcieu.ac.uk/)找到相應(yīng)的數(shù)據(jù)集名稱(chēng)即可。

下面講一下如何下載具體的數(shù)據(jù)
首先是在芬蘭數(shù)據(jù)庫(kù)里面數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址( Risteys FinnGen R11 + FinRegistry - O15_PRE_OR_ECLAMPSIA )
現(xiàn)在已經(jīng)更新到第11版了

比如下載R9的子癇的數(shù)據(jù)庫(kù)

找到數(shù)據(jù)庫(kù)的名稱(chēng)為O15_PRE_OR_ECLAMPSIA
然后在網(wǎng)頁(yè)里輸入 https://storage.googleapis.com/finngen-public-data-r9/summary_stats/finngen_R9_O15_PRE_OR_ECLAMPSIA.gz就可以直接下載了
如果換別的數(shù)據(jù)庫(kù)的話,直接把O15_PRE_OR_ECLAMPSIA換成其他的就行?
UKB的數(shù)據(jù)庫(kù)可以從GAWS里面下載?
(https://www.ebi.ac.uk/gwas/downloads/summary-statistics)
比如搜索hypertension?

選擇studies

點(diǎn)擊studies accession

有的研究沒(méi)有提供可以下載的數(shù)據(jù)

有的提供了的,有數(shù)據(jù)下載的話,點(diǎn)FTP download
