孟德?tīng)栯S機(jī)UKB和芬蘭數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)獲取

一般,孟德?tīng)栯S機(jī)會(huì)用UKB的數(shù)據(jù)作為訓(xùn)練集,用芬蘭的數(shù)據(jù)庫(kù)作為驗(yàn)證集,如果想直接在R語(yǔ)言里面用在線的數(shù)據(jù)庫(kù)的話,可以直接用IEU數(shù)據(jù)庫(kù)(https://gwas.mrcieu.ac.uk/)找到相應(yīng)的數(shù)據(jù)集名稱(chēng)即可。


下面講一下如何下載具體的數(shù)據(jù)

首先是在芬蘭數(shù)據(jù)庫(kù)里面數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址( Risteys FinnGen R11 + FinRegistry - O15_PRE_OR_ECLAMPSIA )

現(xiàn)在已經(jīng)更新到第11版了


比如下載R9的子癇的數(shù)據(jù)庫(kù)


找到數(shù)據(jù)庫(kù)的名稱(chēng)為O15_PRE_OR_ECLAMPSIA

然后在網(wǎng)頁(yè)里輸入 https://storage.googleapis.com/finngen-public-data-r9/summary_stats/finngen_R9_O15_PRE_OR_ECLAMPSIA.gz就可以直接下載了

如果換別的數(shù)據(jù)庫(kù)的話,直接把O15_PRE_OR_ECLAMPSIA換成其他的就行?

UKB的數(shù)據(jù)庫(kù)可以從GAWS里面下載?

(https://www.ebi.ac.uk/gwas/downloads/summary-statistics)

比如搜索hypertension?

選擇studies


點(diǎn)擊studies accession


有的研究沒(méi)有提供可以下載的數(shù)據(jù)


有的提供了的,有數(shù)據(jù)下載的話,點(diǎn)FTP download


下載tsv.gz文件即可

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