1. 基因注釋
到目前為止，我們一直在處理對(duì)應(yīng)于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的 ChIPseq 峰。顧名思義，轉(zhuǎn)錄因子可以影響其靶基因的表達(dá)。
轉(zhuǎn)錄因子的目標(biāo)很難單獨(dú)從 ChIPseq 數(shù)據(jù)中確定，因此我們通常會(huì)通過一組簡單的規(guī)則來注釋基因的峰：
如果峰與基因重疊，則通常將峰注釋為基因。
2. Peak 注釋
ChIPseeker 是一個(gè)有用的基因峰注釋包。通過在小鼠 TXDB 對(duì)象（mm10 基因組）的來源中使用預(yù)定義的注釋，ChIPseeker 將為我們提供峰落在基因中的位置以及到 TSS 位點(diǎn)的距離的概覽。
首先加載下一部分所需的庫。
library(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene)
library(org.Mm.eg.db)
library(GenomeInfoDb)
library(ChIPseeker)
annotatePeak 函數(shù)接受要注釋的區(qū)域的 GRanges 對(duì)象、基因位置的 TXDB 對(duì)象和要從中檢索基因名稱的數(shù)據(jù)庫對(duì)象名稱。
peakAnno <- annotatePeak(macsPeaks_GR, tssRegion = c(-500, 500), TxDb = TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,
annoDb = "org.Mm.eg.db")
class(peakAnno)
結(jié)果是一個(gè)包含峰注釋和整體注釋統(tǒng)計(jì)信息的 csAnno 對(duì)象。
peakAnno
csAnno 對(duì)象包含有關(guān)基因的單個(gè)峰的注釋信息。要從 csAnno 對(duì)象中提取它，ChIPseeker 函數(shù) as.GRanges 或 as.data.frame 可用于生成具有峰及其相關(guān)基因的相應(yīng)對(duì)象。
peakAnno_GR <- as.GRanges(peakAnno)
peakAnno_DF <- as.data.frame(peakAnno)
peakAnno_GR[1:2, ]
3. 可視化 Peak 注釋
現(xiàn)在我們有了來自 ChIPseeker 的注釋峰，我們可以使用 ChIPseeker 的一些繪圖功能來顯示基因特征中峰的分布。在這里，我們使用 plotAnnoBar 函數(shù)將其繪制為條形圖，但 plotAnnoPie 會(huì)生成類似于餅圖的圖。
plotAnnoBar(peakAnno)
同樣，我們可以繪制 TSS 站點(diǎn)周圍峰值的分布。
plotDistToTSS(peakAnno)
ChIPseeker 還可以提供一個(gè)簡潔的圖來描述注釋之間的重疊。
upsetplot(peakAnno, vennpie = F)
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