在使用GlimmerHMM中的glimmerhmm_linux進行基因預(yù)測的,報了個錯
glimmerhmm_linux: error while loading shared libraries: libstdc++.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory
從這個錯誤來看似乎是要安裝一個libstdc++.so.5才行,但是我沒有root權(quán)限,所以我搜了一下無root權(quán)限下安裝libstdc++.so.5的方法,并在此記錄。
下載libstdc++.so.5
wget http://vault.centos.org/7.9.2009/os/Source/SPackages/compat-gcc-32-3.2.3-72.el7.src.rpm
# 官網(wǎng)網(wǎng)址為:[compat-libstdc++-33-3.2.3-72.el7.x86_64.rpm CentOS 7 Download (pkgs.org)](https://centos.pkgs.org/7/centos-x86_64/compat-libstdc++-33-3.2.3-72.el7.x86_64.rpm.html)
下載里面的Binary Package即可,如果下載Source Package自己編譯可能還會出問題
解壓并及其添加到環(huán)境變量中
rpm2cpio compat-libstdc++-33-3.2.3-72.el7.x86_64.rpm | cpio -idvm
cd /usr/lib64
pwd
# 得到當(dāng)前位置XXX
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:XXX
然后再運行g(shù)limmerhmm_linux,還是報錯
glimmerhmm_linux: error while loading shared libraries: libstdc++.so.5: wrong ELF class: ELFCLASS64
查了一下這個錯誤是由于glimmerhmm_linux需要32位的庫,所以重新下載安裝32位的libstdc++.so.5
wget http://mirror.centos.org/centos/7/os/x86_64/Packages/compat-libstdc++-33-3.2.3-72.el7.i686.rpm
rpm2cpio compat-libstdc++-33-3.2.3-72.el7.i686.rpm | cpio -idvm
cd /usr/lib
pwd
# 得到當(dāng)前位置XXX
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:XXX
安裝完后運行成功