一、軟件的下載：

1）中文的 LaTeX - CTEX：

http://www.ctex.org/CTeXDownload

2）LaTeX 的*.tex 的編輯工具-Texmarker

http://www.xm1math.net/texmaker/texmakerwin32_install.exe

3）TEXshade宏包

http://raindy.ys168.com/

二、軟件的安裝：

1） 直接雙擊運行下載的CTEX，安裝過程中，可以不安裝Ghostscript、GSview和WinEdt三個組件

2）雙擊安裝Texmaker，直接下一步下一步安裝，直至出現(xiàn)下面窗口后，點擊“Close”完成

3）將 texshade.zip 壓縮包解出來，最好放在非系統(tǒng)盤下，如本例路徑為 D:TEXshade，注意檢查該目錄下是否有 texshade.ins 文件。

4） 在 Windows的 “開始”-運行中輸入“cmd”，調(diào)出Windows 的命令行窗口，將當前路徑轉(zhuǎn)到 TEXshade所在的目錄下（ D:TEXshade），如下圖所示，此時輸入“Latex texshade.ins”，回車，如果出現(xiàn)下圖的信息，說明編譯通過（路徑中不應(yīng)存在中文）。

D:
cd D:\texshade\texshade
Latex texshade.ins

image

5）重復(fù)輸入“Latex texshade.ins”再次編譯，texshade.ins 編譯2-3次后退出Windows命令行窗口，返回到TEXshade目錄，此時比先前多了一些文件，這些是都編譯生成的，如：AQPDNA.MSF 是比對的示例文件。

三、軟件應(yīng)用

以上安裝步驟在網(wǎng)站上都能找到，但是如何使用texshade軟件出圖，網(wǎng)上并沒有報道，以下是個人經(jīng)驗：

打開Texmaker文件，配置不需要更改，首先創(chuàng)建.tex文件，然后保存，輸入以下代碼，記住一定要保存之后，在運行，才可以運行。腳本必須放在和texshade.sty一樣的文件中

示例如下：

\documentclass[15pt,a4paper]{report}
\usepackage{texshade}
\begin{document}
  \begin{texshade}{D:/texshade/texshade/AQPpro.MSF}
  \shadingmode[standard area]{functional}
    \setends{1}{138..170}
    \showlegend
    \shadeallresidues
  \end{texshade}
\end{document}
\bibliographystyle{IEEEtran}##加入以下兩句話可以出圖，不然提示沒引用
\bibliography{IEEEabrv,REFS}

結(jié)果如下：

image

其余用法舉例如下：

\tintblock{1}{138..145,150..170}#虛化

image

\feature{top}{1}{138..145,150..170}{helix}{membr.}

image

 \showsequencelogo{top}#展示logo

image

更多展示方式請參考：texshade.pdf

注意：結(jié)果pdf文件不可以用AI和PS轉(zhuǎn)換，但是可以使用迅捷PDF等PDF相關(guān)軟件轉(zhuǎn)換成TIFF和png格式

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