前言，傻瓜式全程記錄
Circos是數(shù)據(jù)展示的一個極佳方式。是每一個男人都應(yīng)該學(xué)會的必備技能！
在按照別人教程學(xué)習(xí)的時候，記錄下所有操作，以饗眾人。
如果按照我這個教程都搞不定的話，還是建議先別看別人的高階教程了。
Circos安裝及測試
首先，下載Circos安裝包官網(wǎng)
安裝包
標(biāo)黃的為最新版本的circos。
最下面也還有一個簡單的tutorials，為Linux版本的tutorial，包含了很多種類型的數(shù)據(jù)配置示例，共有十個示例，有興趣的不妨了解一波。
Windows下移動到某個自定義文件夾下解壓壓縮文件即可，接下來就可以通過PowerShell進行測試，驗證是否可以作圖。
# 進入對應(yīng)的解壓文件夾下
PS D:\Software\circos\circos-0.69-6> cd .\example\
PS D:\Software\circos\circos-0.69-6\example> ls
目錄: D:\Software\circos\circos-0.69-6\example
Mode LastWriteTime Length Name
---- ------------- ------ ----
d----- 2018/6/20 13:32 data
d----- 2018/6/20 13:32 etc
-a---- 2017/6/17 7:36 3693061 circos.png
-a---- 2017/6/17 7:37 258048 circos.svg
-a---- 2017/6/4 9:05 1476 README
-a---- 2017/6/4 9:05 202 run
-a---- 2017/6/4 9:05 37130 run.out
# 測試作圖
PS D:\Software\circos\circos-0.69-6\example> ..\bin\circos -conf .\etc\circos.conf
# 會出現(xiàn)一大串狀態(tài)信息，這里顯示最后一行信息
debuggroup summary,timer 34.17s image took more than 30 s to generate. Component timings are shown above. To always show them, use -debug_group timer. To adjust the time cutoff, change debug_auto_timer_report in etc/housekeeping.conf.
Example plot
Perl模塊的安裝
這里我看了教程[1]選擇使用Strawberry Perl
日常安裝
隨后打開perl command line進行模塊安裝
Perl command line
# 在命令行下輸入以下代碼
cpan Carp Clone Config::General Cwd Data::Dumper Digest::MD5 File::Basename File::Spec::Functions File::Temp FindBin Font::TTF::Font GD GD::Image Getopt::Long IO::File List::MoreUtils List::Util Math::Round Math::Trig Math::VecStat Memoize Params::Validate Pod::Usage POSIX Readonly Regexp::Common Statistics::Basic Storable Sys::Hostname Text::Balanced Text::Format Time::HiRes
靜靜的等待安裝結(jié)束， 隨后使用PS(以下都使用此代替power shell)檢查所需模塊是否都已經(jīng)安裝成功。
PS D:\Software\circos\circos-0.69-6\bin> ./circos -module
ok 1.23 Carp
ok 0.31 Clone
ok 2.60 Config::General
ok 3.36 Cwd
ok 2.131 Data::Dumper
ok 2.51 Digest::MD5
ok 2.82 File::Basename
ok 3.33 File::Spec::Functions
ok 0.22 File::Temp
ok 1.50 FindBin
ok 0.39 Font::TTF::Font
ok 2.46 GD
ok 0.2 GD::Polyline
ok 2.38 Getopt::Long
ok 1.15 IO::File
ok 0.33 List::MoreUtils
ok 1.23 List::Util
ok 0.01 Math::Bezier
ok 1.997 Math::BigFloat
ok 0.06 Math::Round
ok 0.08 Math::VecStat
ok 1.02 Memoize
ok 1.24 POSIX
ok 1.05 Params::Validate
ok 1.36 Pod::Usage
ok 1.03 Readonly
ok 2013031301 Regexp::Common
ok 2.50 SVG
ok 1.19 Set::IntSpan
ok 1.6611 Statistics::Basic
ok 2.30 Storable
ok 1.16 Sys::Hostname
ok 2.02 Text::Balanced
ok 0.59 Text::Format
ok 1.9724 Time::HiRes
PS D:\Software\circos\circos-0.69-6\bin>
此步操作沒有問題，接下來就是愉快的作圖時光！
Linux下安裝Circos
老規(guī)矩還是anaconda
conda install -c bioconda circos
