circos 是一款perl 語言開發(fā)的畫圖軟件，提供了染色體相關(guān)數(shù)據(jù)的一種可視化方式。其制作的圖表精美，被科研工作者廣泛使用。
官網(wǎng)如下：
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首先看下安裝過程，官網(wǎng)上提供了3種壓縮包
- 軟件源代碼壓縮包
- 使用手冊(cè)的壓縮包
-
相關(guān)工具的壓縮包
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軟件源代碼是我們安裝過程中需要用到的，使用手冊(cè)是官網(wǎng)提供的為了幫助我們學(xué)習(xí)使用circos而開發(fā)的包，相關(guān)工具是一些circos的腳手架，也可以稱為擴(kuò)展工具。
在下圖中，circos-0.69.6.tgz就是源代碼的安裝包，circos-tutotials-9.67.tgz就是使用手冊(cè)的安裝包, circos-tools-0.22.tgz就是相關(guān)工具的壓縮包。
http://circos.ca/software/download/
image.png
安裝時(shí),我們只需要使用源代碼的安裝包就可以了。由于是使用perl 語言開發(fā)的，所以不需要編譯。只需要下載解壓縮即可，具體過程如下：
wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz
tar xzf circos-0.69-6.tgz
cd circos-0.69
官網(wǎng)的教程包安裝
官網(wǎng)教程鏈接： http://circos.ca/documentation/tutorials/
wget http://circos.ca/distribution/circos-tools-0.22.tgz
wget http://circos.ca/distribution/circos-tutorials-0.67.tgz
> tar cvfz circos-tutorials-0.61
> cd circos-tutorials-0.61
Data for tutorials is in data/ and the tutorial configuration in
tutorials/. Data and configuration are kept separate - many
tutorials use the same data.
> cd tutorials/
> cd 2/2
Run each tutorial from the tutorial directory.
> circos -conf circos.conf
> cd ../3
> circos -conf circos.conf
Circos will guess the location if circos.conf. If the file is in your
current directory, or in etc/, you don't need to use the -conf flag.
> circos
To create images of all lessons for a tutorial
> cd tutorials
> cd 2
> ../makeimages
</pre>
No1. HELLO WORLD
cd /home/shenmy/Exercises/17
建立配置文件circos.conf
http://circos.ca/documentation/tutorials/quick_start/hello_world/
運(yùn)行
circos -conf /home/shenmy/Exercises/17/circos.conf
得到結(jié)果圖：
還是例子1，我在windows上安裝了circos學(xué)習(xí)配置文件，繪制圖像。上圖1和2有一些差別，是因?yàn)槲野裺pacing參數(shù)調(diào)大了一倍（0.005r->0.05r）。圖3在特定的位置開了一個(gè)口是因?yàn)榧恿藀airwise標(biāo)簽參數(shù)，使hsY和hs1之間的spacing間隔變大。
<pairwise hsY;hs1>
spacing = 20r
</pairwise>
解壓縮之后就可以了。安裝好之后，可以用自帶的例子測(cè)試一下
cd circos-0.69/example/
../bin/circos -conf etc/circos.conf
如果看到呼呼的代碼往下跑，恭喜你，說明你的程序安裝的很成功，你就可以開啟美麗的繪圖大門了。
運(yùn)行成功之后，會(huì)在當(dāng)前目錄生成circos.png和circos.svg兩張圖片
如果上述圖片正常生成了，說明circos安裝成功，可以使用了。
這很簡單，我相信你已經(jīng)完成了。那么接下來就要進(jìn)入最難得部分了。因?yàn)閏ircos是基于perl腳本的程序，想要正確的使用和繪圖，需要安裝好per以及對(duì)應(yīng)的模塊。很多都需要自己手動(dòng)安裝，整個(gè)過程非常復(fù)雜，而且感覺暈頭轉(zhuǎn)向，因此，這里為大家推薦一個(gè)非常好用的Windows下的perl軟件——Strawberry Perl，它可以自動(dòng)安裝模塊，非常的方便。
下載地址：http://strawberryperl.com/
perl 我的安裝命令：conda install perl
根據(jù)不同的操作系統(tǒng)，選擇32位或64位。（點(diǎn)擊“我的電腦”→右鍵單擊屬性，可以查看自己的操作系統(tǒng)的位數(shù)）下載安裝完成以后，你要先檢查一下是否已經(jīng)安裝完成，在Windows下，點(diǎn)擊鍵盤win+r，輸入cmd進(jìn)入doc界面，然后輸入
perl –v,檢查版本信息。如圖所示，這樣就沒有什么問題，可以開始進(jìn)行文件的配制了。
使用Strawberry Perl進(jìn)行文件配制非常簡單，打開perl的命令行以后，只要輸入cpan +模塊，就可以自動(dòng)下載安裝模塊了，是不是很方便呢？
為了更加方便大家模塊的下載，在這里，我將需要用到的模塊直接列出來，方便大家直接安裝：
Carp Clone Config::General Cwd Data::Dumper Digest::MD5 File::Basename File::Spec::Functions File::Temp FindBin Font::TTF::Font GD GD::Image Getopt::Long IO::File List::MoreUtils List::Util Math::Round Math::Trig Math::VecStat Memoize Params::Validate Pod::Usage POSIX Readonly Regexp::Common Statistics::Basic Storable Sys::Hostname Text::Balanced Text::Format Time::HiRes
安裝完這些模塊，你的circos基本上就可以開始工作了，如果運(yùn)行中提示缺少某個(gè)模塊，可以用這個(gè)方法安裝。
如果沒有正常生成，說明缺少一些模塊。下面命令可以查看依賴的perl 模塊是否都安裝成功了，缺少哪個(gè)模塊，安裝哪個(gè)模塊就可以了。
circos -modules
ok 1.38 Carp
ok 0.39 Clone
ok 2.63 Config::General
ok 3.3 Cwd
我的安裝命令： cpan Bio::
circos的運(yùn)行可以參照下面的 circos基本使用參數(shù)：
-version
查詢circos版本
-modules
檢測(cè)perl模塊
-conf <string>
輸入主配置文件
-outputdir <string>
設(shè)置輸出文件的路徑
-outputfile <string>
設(shè)置輸出文件名，該參數(shù)的值以.png為后綴
-svg
生成svg結(jié)果文件
-nosvg
不生成svg結(jié)果文件
circos的命令非常簡單，只需要提供一個(gè)配置文件circos.conf就行了，程序會(huì)根據(jù)配置文件，自動(dòng)讀取數(shù)據(jù)和相關(guān)配置，然后生成圖片。學(xué)習(xí)circos的過程，實(shí)際上就是理解conf配置文件中，每項(xiàng)配置的含義和作用。
用于測(cè)試的這個(gè)配置文件是用于炫技的，充分展示了circcos 的強(qiáng)大，但是并不適用于circos的學(xué)習(xí)。在官網(wǎng)還很貼心的提供了circos-tutotials-9.67.tgz包，這個(gè)包中提供了大量的配置文件的示例，由淺入深將circos的所有功能進(jìn)行展示，在學(xué)習(xí)的過程中，直接看這個(gè)包里的內(nèi)容就可以了。
官網(wǎng)還提供了一個(gè)更加詳盡的教程，網(wǎng)址如下
如果上面的內(nèi)容看不懂怎么辦呢？那也不用怕；
總之，反正 circos的安裝也可以只需要一個(gè)命令，那就是通過conda 安裝了（linux），命令如下：
感謝廬州月光的分享，感謝生信人大家庭；
分享知識(shí)，分享未來！
