操作分類單元（Operational Taxonomic Units，OTU）是在系統(tǒng)發(fā)生學(xué)研究或群體遺傳學(xué)研究中，為便于分析，人為給某一個(gè)分類單元（品系，種，屬，分組等）設(shè)置的同一標(biāo)志。一般情況下，如果序列（tags）之間的相似性高于97% 就可以把它定義為一個(gè) OTU。每個(gè)OTU對應(yīng)于一種代表序列。
alpha多樣性分析
alpha多樣性一般指樣本內(nèi)物種的多樣性程度，即不側(cè)重于比較，而只是評(píng)估樣本內(nèi)的多樣性程度
多樣性指數(shù)統(tǒng)計(jì)（軟件：mothur）
計(jì)算菌群豐富度（Community richness）的指數(shù)：
（1）Observed_species：直接觀測到的OTU的個(gè)數(shù)。
（2）Chao：用于估計(jì)樣本中物種總數(shù)，數(shù)值越大代表物種越多。
（3）ACE：用于估計(jì)樣本中物種總數(shù)，數(shù)值越大代表物種越多，與Chao1的算法不同。
計(jì)算菌群多樣性（Community diversity）的指數(shù)：
（1）Shannon：用來估算樣本中微生物的多樣性指數(shù)之一。Shannon值越大，說明群落多樣性越高。
（2）Simpson：用來估算樣本中微生物的多樣性指數(shù)之一， Simpson指數(shù)值越大，說明群落多樣性越低。
（3）InvSimpson：1-Simpson指數(shù)值，InvSimpson指數(shù)值越大，說明群落多樣性越高。
（4）Coverage：指各樣本文庫的覆蓋率，其數(shù)值越高，則樣本中序列被測出的概率越高，而沒有被測出的概率越低
beta多樣性分析
其他統(tǒng)計(jì)分析
1.組間差異顯著性分析：主要用于發(fā)現(xiàn)不同組間具有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異的 Biomarker。更具設(shè)定的biomarker篩選標(biāo)準(zhǔn)（LDA score>4）找出符合條件的biomarker，以圖標(biāo)方式展現(xiàn)；常見分析方法有Lefse分析篩選biomarker；Metastats分析通過p、q值比較各分類水平下兩兩分組間的差異顯著性
軟件：LEfSe(Line Discriminant Analysis (LDA) Effect Size)、Metastats
2.多元統(tǒng)計(jì)分析：ANOVA（方差分析）、Wilcox秩和檢驗(yàn)、三元相圖
3.16S功能基因預(yù)測分析：KEGG功能預(yù)測、COG功能預(yù)測
4.相關(guān)性分析
5.進(jìn)化樹分析
6.環(huán)境因子分析
7.相似性分析(ANOSIM)
補(bǔ)充相關(guān)軟件鏈接：
Trimomatic： http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic
Flash： http://ccb.jhu.edu/software/FLASH/
FASTQC： http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
uparse： http://www.drive5.com/usearch/manual/uparseotu_algo.html
RDP 數(shù)據(jù)庫： http://rdp.cme.msu.edu/
mothur： www.mothur.org
R： http://www.r-project.org/
metastats： http://metastats.cbcb.umd.edu/detection.html
Fasttree: http://www.microbesonline.org/fasttree/
megan： http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/megan/
cytoscape： http://www.cytoscape.org/
