V8安裝：
需要一個(gè)靜態(tài)庫。解決方法如下：
在R命令行中輸入
Sys.setenv(DOWNLOAD_STATIC_LIBV8 = 1)
install.packages("V8")
fs安裝
最近使用R包“DiffBind”分析數(shù)據(jù)，在安裝依賴包“fs”時(shí)一直報(bào)錯，命令行如下：
conda activate chipseq1
R
library(BiocManager)
BiocManager::install("fs")
錯誤及解決方法如下：
src/.libs/libuv_la-fs-poll.o: file not recognized: File format not recognized
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[1]: *** [Makefile:1745: libuv.la] Error 1
make[1]: Leaving directory '/tmp/RtmpvaTCs1/R.INSTALL47746c681b53/fs/src/libuv-1.38.1'
make: *** [Makevars:35: libuv-1.38.1/.libs/libuv.a] Error 2
ERROR: compilation failed for package ‘fs’
* removing ‘/lustre/home/acct-medzxz/medzxz/miniconda3/envs/chipseq1/lib/R/library/fs’
ERROR: dependency ‘fs’ is not available for package ‘batchtools’
* removing ‘/lustre/home/acct-medzxz/medzxz/miniconda3/envs/chipseq1/lib/R/library/batchtools’
The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmp4wNQWj/downloaded_packages’
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done
Warning messages:
1: In .inet_warning(msg) :
installation of package ‘fs’ had non-zero exit status
2: In .inet_warning(msg) :
installation of package ‘batchtools’ had non-zero exit status
主要是編譯錯誤，缺少libuv庫，或者libuv庫編譯錯誤，我下載了libuv，然后按照流程編譯
git clone [https://github.com/libuv/libuv.git](https://github.com/libuv/libuv.git)
cd libuv/
./autogen.sh
./configure --prefix=/your/path/ ##這里不指定路徑后邊編譯會出錯，至少我是這樣
make
make install
####編譯完成后，將lib路徑加入環(huán)境變量
#方法一：
export LD_LIBRARY_PATH=LD_LIBRARY_PATH:/XXX #但是退出當(dāng)前終端后就失效
#方法二：
修改~/.bashrc或~/.bash_profile或系統(tǒng)級別的/etc/profile
rsvg安裝
rsvg安裝依賴librsvg庫，但是經(jīng)常報(bào)錯#error "Only <glib.h> can be included directly."，找到報(bào)錯的文件，然后vim，將#include后邊<glib/XXX.sh>全部改成<glib.sh>，然后重新編譯
*** Rebuilding template files ***
cd . && gtkdoc-mktmpl --module=rsvg
/bin/sh: gtkdoc-mktmpl: command not found
make[1]: *** [tmpl-build.stamp] Error 127
make[1]: Leaving directory `/lustre/home/acct-medzxz/medzxz/software/libs/librsvg-2.9.5/doc'
make: *** [install-recursive] Error 1
gcc安裝
gcc安裝依賴下邊三個(gè)包，即gmp、mpfr和mpc，其中mpc和mpfr又依賴gmp，所以先安裝gmp
gmp安裝
./configure prefix=/lustre/home/acct-medzxz/medzxz/bin/ --enable-CXX
在使用configure的時(shí)候要加上 --enable-cxx命令，否則不能使用c++庫gmpxx.h
然后
make
make check
最后
make install
就安裝完成了
MPFR和MPC配置安裝
./configure prefix=/lustre/home/acct-medzxz/medzxz/bin/ --with-gmp-include=/lustre/home/acct-medzxz/medzxz/bin/include/ --with-gmp-lib=/lustre/home/acct-medzxz/medzxz/bin/lib
--with...后邊要加絕對路徑，指定gmp位置
然后 make
make check
make install
gcc編譯
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/lustre/home/acct-medzxz/medzxz/bin/lib/
設(shè)定ld各種庫所在位置
make
make install
gcc編譯完成后要更新動態(tài)庫，替換舊版本，要不然會報(bào)錯
ninja安裝
./configure.py --bootstrap
指定pkg_config_path
export PKG_CONFIG_PATH=/lustre/home/acct-medzxz/medzxz/bin/lib/pkgconfig
【注意：conda install用于給本機(jī)安裝軟件（不會安裝在虛擬環(huán)境中），conda create是給虛擬環(huán)境安裝軟件】
[ conda isntall 找不到的包你可以試試 pip]
報(bào)錯：
你剛剛通過conda install了pytorch，卻沒有pytorch: ModuleNotFoundError: No module named 'torch'
搜了一會，想要按照別人的答案conda update conda更新一下conda，還報(bào)錯：PackageNotInstalledError: Package is not installed in prefix.
為什么？不要在已經(jīng)進(jìn)入的虛擬環(huán)境中使用conda install !!!!!
這些可能是你應(yīng)該在base環(huán)境中安裝的軟件。你要想要conda虛擬環(huán)境中裝，那就該用pip就用pip。
checking whether bzip2 support suffices ...congifure: error: bzip2 library and headers are required
看問題描述貌似bzip2版本太老了，新的R-4.1.2不能用。
簡單來說，就是從16年開始，R的新版本去除了一些原來包含在安裝包里的包，并默認(rèn)這些包已經(jīng)安裝在你的系統(tǒng)里，這時(shí)候，如果你用的是自己本地較新的linux/mac/windows版本，默認(rèn)已經(jīng)裝好這些包，即使沒有也能夠很快安裝或者更新這些包。但是，如果你是在服務(wù)器集群上，沒有管理員權(quán)限，需要將這些包先安裝在自己的目錄下，然后才能調(diào)用，而關(guān)鍵的問題就是調(diào)用時(shí)的環(huán)境變量如何設(shè)置。
根據(jù)這篇博文給出的解決方法，首先新建個(gè)目錄用來安裝所有需要裝的包（比如：/HOME/packages)，然后將需要安裝的軟件包都裝到這個(gè)目錄下，并設(shè)置好環(huán)境變量（這個(gè)過程最關(guān)鍵），之后再configure/make/make install安裝R-3.3.0就可以了，其中還有一些細(xì)節(jié)問題下面會提到。安裝R-3.3.0過程中需要安裝的包主要有:bzip2、xz、pcre和curl，該博文還提到了zlib，不過可能我的服務(wù)器上zlib已經(jīng)更新過了，安裝過程中并沒有報(bào)錯。
1.下載和安裝bzip2：
bzip2不是標(biāo)準(zhǔn)的GNU包，根據(jù)下載的安裝文件的說明文檔，執(zhí)行以下命令：
cd ~/src
wget --no-check-certificate bzip2 website ##自己搜官網(wǎng)最新版bzip2地址，時(shí)不時(shí)IP就改了
tar xzvf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
make -f Makefile-libbz2_so
make clean
make
make install PREFIX=/HOME/packages
注意：這里下載完bzip2后，需要修改Makefile文件，在CFLAGS這個(gè)變量后面添加 -fPIC，否則后面安裝R的時(shí)候會報(bào)錯。
2.安裝xz包：
cd ~/src
wget --no-check-certificate XZ ##官網(wǎng)地址
tar xzvf xz-5.2.2.tar.gz
cd xz-5.2.2
./configure --prefix=/HOME/packages
make -j3
make install
3.安裝pcre包：
cd ~/src
wget --no-check-certificate pcre ##官網(wǎng)下載地址
tar xzvf pcre-8.38.tar.gz
cd pcre-8.38
./configure --enable-utf8 --prefix=/HOME/packages
make -j3
make install
4.安裝curl包：
cd ~/src
wget --no-check-certificate https://curl.haxx.se/download/curl-7.47.1.tar.gz
curl - Download
tar xzvf curl-7.47.1.tar.gz
cd curl-7.47.1
./configure --prefix=/HOME/packages
make -j3
make install
5.設(shè)置安裝好的包的環(huán)境變量（！這步最重要）：
這個(gè)過程中/HOME/packages/要替換為你安裝文件的目錄，譬如我安裝在/dssg/home/acct-medzxz/medzxz/bin/下，以下步驟中/HOME/packages/全部替換為/dssg/home/acct-medzxz/medzxz/bin/。切記 切記 切記
export PATH=/HOME/packages/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$LD_LIBRARY_PATH
export CFLAGS="-I/HOME/packages/include"
export LDFLAGS="-L/HOME/packages/lib"
前兩個(gè)是安裝R的“make”過程需要用到的，后兩個(gè)是“configure”過程需要用到的。
6.最后就是安裝R-4.1.2:
cd ~/src/R-4.1.2
mkdir builddir
cd builddir
../configure --prefix=/HOME/packages/R-4.1.2
make
make install
等待安裝完成，就可以開始愉快地使用新的R了...
blog.csdn.net/flashan_shensanceng/article/details/122531181
