名詞解釋
flowcell （流動池）
flwocell是帶有流通槽的玻璃滑塊，是測序反應的載體，里面有8條lane。
lane（流通槽）
lane是測序反應的平行泳道，是試劑添加、洗脫等過程的發(fā)生位置。
tile
每一個lane里最小的單位叫做一個tile，每個tile會種下不同的cluster，每個tile在一次循環(huán)中會拍照4次（每個堿基一次）。
reads
測序的結果就叫做一個reads，對雙端測序來說，5'端reads叫reads1，3'端reads叫reads2。
illumina測序的工作流程
https://www.bilibili.com/video/av13107081
一.sample prep（樣本準備）
樣品準備就是在DNA fragments（片段）的末端添加adaptors（接頭）。超聲波將DNA分子打斷成300-800bp長序列片段（人類基因組打成300-500bp），用酶補平為平末端，然后3‘端加一個A堿基（因為接頭的3‘端有一個突出的T），再在兩端加上互補配對的adapter，再通過PCR擴增達到一定濃度，構成單鏈DNA文庫。
二.cluster generation(簇形成)
每一個lane固定了兩種不同的oligos（寡聚核苷酸引物）（垂直于lane），測序時，兩種oligos中的一種和fragment上的adaptor互補結合，如下圖所示：
再之后雙鏈分子變性，原始模板（左）被洗去，右邊鏈通過bridge PCR進行擴增。隨后不斷擴增，生成數(shù)百萬個cluster，如下圖：
之后所有的reverse strands（反向鏈）被切斷洗去，只留下forward strands（正向鏈）。正向鏈的3'端會封鎖，防止特異性結合。
三.sequencing（測序）
測序從第一個測序引物primer的延伸開始，生成第一個read（讀段）。每一個核苷酸都帶有熒光標記。四種核苷酸帶有四個不同的熒光標記，發(fā)射出特征性的熒光信號，這個專有過程叫sequencing-by-synthesis.循環(huán)結束后，生成的read product被沖掉，在生成下一個read。整個過程生成數(shù)百萬個reads，代表所有的fragment。
https://www.bilibili.com/video/av9273946
這個視頻的21分有講雙端測序的過程，自己寫的過程里沒提到第二條鏈怎么生成的。
四.data analysis（數(shù)據(jù)分析）
測序后生成的文件為fastq格式，每4行為一個read，read第1行：空格左邊（從紅色的1開始）為ID信息，DJG8....為測序儀信息，后邊數(shù)字代表是測序儀運行的第272次?？崭裼疫厼閎arcode信息，用于區(qū)分樣品。第2行為測序結果序列信息。第4行為堿基質量值。
