fgsea包做GSEA分析很好用，奈何結(jié)果可視化真的有些潦草。既然，自帶的可視化不好看，那就借助其他包來展示吧，比如enrichplot、GseaVis兩個(gè)包的GSEA可視化就挺好看。

library(fgsea)

gsea_res <- fgsea(gslist, dge_rnk, minSize=5, maxSize=500, nperm=10000)
plotEnrichment(gslist[['HAY_BONE_MARROW_CD34_POS_HSC']], dge_rnk)

想要用enrichplot、GseaVis展示fgsea的結(jié)果，需要將結(jié)果轉(zhuǎn)換為gseaResult對象。其實(shí)clusterProfiler做GSEA分析時(shí)默認(rèn)調(diào)用的也是fgsea，所以在其內(nèi)部有轉(zhuǎn)換的過程，下面的函數(shù)便是由此修改而來。

source('run_fgsea2enrichplot.r')
gseares <- fgsea2enrich(gsea_res, dge_rnk, gslist, pvalueCutoff=1)

格式轉(zhuǎn)換好，畫圖就很簡單了：

library(enrichplot)

gseaplot2(gseares, 'HAY_BONE_MARROW_CD34_POS_HSC')

與原先的圖相比，這圖看起來顏值就自帶一種高級感。除了enrichplot外，GseaVis作為專門用于GSEA可視化的包也是很好的選擇，方便的是這個(gè)包也是基于gseaResult對象做圖。

library(GseaVis)

gseaNb(gseares, geneSetID='HAY_BONE_MARROW_CD34_POS_HSC', addPval=T, pvalX=0.98, pvalY=0.8)