kegg Genome 由organisms，selected viruses 和 Metagenomes 3個數(shù)據(jù)庫構(gòu)成。

kegg Organisms 數(shù)據(jù)庫收錄了有完整基因組序列的物種信息，對于每個物種，有兩種表示方法：

1. 三個字母或者四個字母的物種代碼， 叫做org code, 比如human對應(yīng)的org code 為hsa, mouse對應(yīng)的org code為mmu；

2. T Number, 對于organisms 中的所有物種來說，開頭都是T0, 比如 human 對應(yīng)的T Number 為T01001;

以human為例，鏈接為

http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_organism?org=hsa

organisms 數(shù)據(jù)庫記錄了如下的信息：

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除了 T number 和 Org code 等基本信息外，還包括了taxonomy 等其他信息。在這些詳細(xì)信息中，Data source 代表基因組序列的來源數(shù)據(jù)庫，通常是 Refseq 或者 Genebank; Original DB 是物種特異性的其他數(shù)據(jù)庫，點擊藍(lán)色的字可以跳轉(zhuǎn)到對應(yīng)的數(shù)據(jù)庫中去。其實這就是綜合性數(shù)據(jù)庫的價值，你只需要在綜合性數(shù)據(jù)庫中瀏覽，就可以知道這個物種相關(guān)的數(shù)據(jù)庫有哪些，而且可以很方便的跳轉(zhuǎn)到感興趣的數(shù)據(jù)庫中。

selected viruses 數(shù)據(jù)庫收錄了與人類或者植物病理性相關(guān)的病毒信息，對于不同的病毒，用T Number 進(jìn)行區(qū)分。所有的病毒的T Number 都是以 T4 開頭的，比如T40218

http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?gn:T40218

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viruses 數(shù)據(jù)庫中還會提供病毒的宿主，相關(guān)疾病等詳細(xì)信息。

Metagenomes 數(shù)據(jù)庫收錄了一些環(huán)境微生物的相關(guān)信息，主要包括口腔，腸道，空氣，皮膚， 泌尿生殖系統(tǒng)5大，大部分是口腔和腸道微生物。對于環(huán)境微生物，每個物種的T number 都是 T3 開頭。

kegg官網(wǎng)提供的Genome 數(shù)據(jù)庫的構(gòu)成示意圖如下：

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對于organisms 數(shù)據(jù)庫中的物種，kegg 提供了一個簡單的taxonomy 分類體系，和 NCBI 的taxonomy 數(shù)據(jù)庫還是有區(qū)別的。

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總結(jié)

1. kegg genome 數(shù)據(jù)庫存儲物種信息，由organisms , viruses, metagenomes 三個數(shù)據(jù)庫構(gòu)成。

2. 每個物種用T Number 唯一標(biāo)識，organisms 中的物種都以T0 開頭， viruses 中的物種以 T4 開頭，metagenomes 中的物種以 T4 開頭。

3. kegg有一套較為簡單的物種分類體系，叫做kegg taxonomy, 和 ncbi taxonomy 還是有區(qū)別的。