鑒定全基因組變異（Variant Calling）軟件集錦

1.GATK

（1）program language：C++

（2）Reference:

 10.1101/gr.107524.110（Genome Research，2010）
 10.1038/ng.806（Nature Genetics，2011）
 10.1002/0471250953.bi1110s43（Current protocols in human genetics，2013）
 10.1101/201178（bioRxiv，2017）

（3）Manual：

  https://github.com/broadinstitute/gatk
  10.1038/ng.806（Nature Genetics，2011）
  10.1002/0471250953.bi1110s43（Current protocols in human genetics，2013）

（4）Link：

   https://github.com/broadinstitute/gatk/releases

2.DeepVariant

（1）program language：C++，Python

（2）Reference:

   10.1038/nbt.42352(Nature Biotechnology ，2018）
   10.1101/2020.02.10.942086（bioRxiv，2020）

（3）Manual：

    https://github.com/google/deepvariant/tree/r0.10/docs

（4）Link：

    https://github.com/google/deepvariant

3.Sentieon（商業(yè)版GATK）

    https://www.sentieon.com

4.SAMtools

（1）program language：C

（2）Reference:

   10.1093/bioinformatics/btp352(Bioinformatics，2009）
   10.1101/gr.114819.110（Genome Research，2011）
   10.1101/020024（bioRxiv ，2015）

（3）Manual：

   http://www.htslib.org/doc/

（4）Link：

   https://github.com/samtools/samtools
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