之前找了很多信息，見到的都是用行畫PCA，用列的大多都是使用fviz_pca_var這個函數(shù)，但這個函數(shù)橢圓我又死活加不上，再加上畫橢圓時的分組信息又沒法加在原數(shù)據(jù)里，糾結(jié)了很久。但最后還是被我試出來了。

先放個原數(shù)據(jù)格式：

image

image

library("FactoMineR")

library("factoextra")

library("dplyr")

data = read.csv("G:/TPTNW.csv",row.names = "gene_id")

這是分組信息

datagroup = read.csv("G:/TPTNWgroup.csv")

t()用于轉(zhuǎn)換矩陣行列，用起來方便省事

verdata = t(data)

res.pca <- PCA(verdata, graph = FALSE)

將同一組的individuals圈在一起

fviz_pca_ind(res.pca,

        geom.ind = c("point","text"), # 顯示點與文字

        col.ind = datagroup$group, #以組分顏色，這里直接上面導(dǎo)入的group信息即可

        palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"), #顏色

        addEllipses = TRUE, #畫橢圓

        legend.title = "Groups" #分組名

)

結(jié)果圖：

image

生信

作者：清珺
鏈接：http://www.itdecent.cn/p/be963a3b0e81