一、在B站“生信人應(yīng)該這樣學(xué)Linux”第5講-軟件安裝

Jimmy大神的軟件安裝教程，留爪慢慢看。
http://www.biotrainee.com/thread-856-1-1.html

1.'\r'是回車，'\n'是換行，前者使光標(biāo)到行首，后者使光標(biāo)下移一格。通常用的Enter是兩個(gè)加起來。

2. tr ":" "\n"是把冒號(hào)替換成換行符。

3. 大神課里講到Git這個(gè)東東，展開學(xué)習(xí)了一下：貌似是要寫一個(gè)程序，需要改很多個(gè)版本，很多人都要進(jìn)行修改，于是很容易混亂，不知道改了哪里或者誰改的。于是Git可以對(duì)每次修改的進(jìn)行記錄，隨時(shí)可以回到之前的某個(gè)版本，對(duì)于寫代碼的人來說，每次調(diào)試都要調(diào)整修改一些內(nèi)容，可太有用了。

似乎我平時(shí)修改個(gè)word或ppt里的內(nèi)容也挺需要這個(gè)功能。

4. xargs 命令

xargs 是 execute arguments 的縮寫，作用是從標(biāo)準(zhǔn)輸入中讀取內(nèi)容，并將此內(nèi)容傳遞給它要協(xié)助的命令，并作為那個(gè)命令的參數(shù)來執(zhí)行。
比如：echo $PATH | tr ':' '\n' | xargs ls -lh

5. which命令是查看某個(gè)命令在哪兒的。

6. 安裝bowtie2軟件

測(cè)序得到read進(jìn)行質(zhì)控后，就是對(duì)read進(jìn)行比對(duì)，所以隨之產(chǎn)生了許多用來比對(duì)的軟件。其中BWA和bowtie2兩個(gè)最為常用。注意：這兩個(gè)軟件都是用來比對(duì)基因組的。如果要比對(duì)轉(zhuǎn)錄組應(yīng)該用hisat2這個(gè)軟件。

bowtie2輸出結(jié)果為SAM格式。
https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie/1.3.0/bowtie-1.3.0-linux-x86_64.zip/download
我自己找到最新的版本是這個(gè)
https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.4.5/bowtie2-2.4.5-linux-x86_64.zip/download

下載到Mac電腦本地。之后要上傳到服務(wù)器上才行。
上傳要用到新的命令scp
注意：要新打開一個(gè)終端輸入命令scp /Users/meraner/Desktop/bowtie2-2.4.5-linux-x86_64.zip zds209@222.28.163.113:~/software/bowtie2

也就是在本地的終端發(fā)送這個(gè)位置的這個(gè)文件到服務(wù)器某IP地址某用戶的那個(gè)位置。然后需要輸入密碼，輸入后，就開始上傳。

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scp命令格式如下：
scp <本地文件路徑> <服務(wù)器用戶名>@服務(wù)器地址:<要上傳到服務(wù)器那個(gè)路徑下>
我折騰了好幾次終于成功上傳數(shù)據(jù)成功啦。。要知道在window系統(tǒng)中通過winscp或者xshell就可以圖形化實(shí)現(xiàn)上傳下載，而Mac要通過命令行，果然是大神愛的Mac要更接近人機(jī)直接對(duì)話。而且有點(diǎn)兒明白winscp的這個(gè)名字啥意思了。

unzipbowtie2-2.4.5-linux-x86_64.zip 就是解壓安裝
想看看是否安裝成功，輸入命令./bowtie2

但是出現(xiàn)了一個(gè)問題。

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這個(gè)貌似是需要升級(jí)升級(jí)GLIBC庫，這個(gè)庫應(yīng)該是系統(tǒng)自帶的。而我現(xiàn)在的bowtie2版本顯然不適合。我去選個(gè)低版本的bowtie2吧。。。
scp /Users/meraner/Desktop/bowtie2-2.2.3-linux-x86_64.zip zds209@222.28.163.113:~/software/bowtie2
這回在進(jìn)行查看還有點(diǎn)兒小問題。

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輸入命令./bowtie2 -h，顯示正常了。

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7. 安裝samtools軟件

samtools是一個(gè)用于操作sam和bam文件（通常是短序列比對(duì)工具如bwa,bowtie2,hisat2,tophat2等等產(chǎn)生的，具體格式可以在消息框輸入“SAM”查看）的工具合集，包含有許多命令。

wget -c https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.15.1/samtools-1.15.1.tar.bz2
但是下載一直不成功。還是直接下載到本地，再上傳吧。
在本地終端輸入scp /Users/meraner/Desktop/samtools-1.15.1.tar.bz2 zds209@222.28.163.113:~/software/samtools
進(jìn)入服務(wù)器終端，在samtools文件夾下進(jìn)行解壓安裝
tar xvfj samtools-1.15.1.tar.bz2 參數(shù)x是解壓的意思，v是解壓過程展示明細(xì)，f
進(jìn)入解壓后的samtools-1.15.1文件夾下
./configure --prefix=/data/zds209/software/samtools/samtools-1.15.1(注意這個(gè)地方要寫絕對(duì)路徑，不可以寫成~/software/samtools/samtools-1.15.1這種相對(duì)路徑哦）

make
make install
想要看是否安裝成功只需要在安裝文件夾下輸入./samtools
這是一個(gè)相對(duì)路徑，其中“./”的意思是當(dāng)前路徑，samtools是這個(gè)軟件二進(jìn)制文件。

想看看是否安裝成功./samtools 可見關(guān)于次軟件的詳情，表明成功安裝。

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