DAVID搞定功能通路富集分析

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說起DAVID，沒有涉及過高通的小伙伴們會以為這是一個人名，而對高通量稍有了解的人就會知道其實(shí)它是一款在線免費(fèi)分析軟件，主要用于差異基因的功能和通路富集分析，對很多科研工作者來說，是個非常好的工具，那今天我們就來看一下它是如何使用滴。

在DAVID的操作前，我們需要了解清楚咱們的起始數(shù)據(jù)源是什么樣子的，很簡單，一組基因列表即可，如下圖：

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接下來，正文開始啦啦啦..............

 如何進(jìn)入DAVID呢？很簡單，打開網(wǎng)址https://david.ncifcrf.gov/，就OK啦，顯示界面如下，并點(diǎn)擊 Start Analysis。

  現(xiàn)在我們具體看一下DAVID的使用流程，我截了個圖，并且在圖上用數(shù)字進(jìn)行了標(biāo)注，大家按照標(biāo)注序號一步步進(jìn)行即可。

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1——將基因列表復(fù)制拷貝到空白框中；2——選擇基因名稱類型，一般都OFFICIAL GENE SYMBOL（基因的官方名稱），但主要還是根據(jù)基因列表的情況來進(jìn)行選擇；3——勾選 gene list；4——提交基因列表。 提交完成后，網(wǎng)頁需要反映一會會……., 界面會彈出如下提示框 ，按確定即可。

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接著往下走………

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按照如上流程進(jìn)行，1 list1——2 Use——3選擇物種“大鼠”——4 點(diǎn)擊Select Species——5 點(diǎn)擊 Functional Annotation Chart , 其中注意，第2步和第4步都需要反應(yīng)一會，不要著急，慢慢來，最后顯示界面如下：

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接著上一步，顯示如上圖界面，首先把所有默認(rèn)選項都清空，只選擇Gene_Ontology下的GOTERM_BP_DIRECT和Pathways 下的KEGG_PATHWAY ，最后點(diǎn)擊 Functional Annotation Table，結(jié)果就出來了，So Easy。

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 為了方便大家查閱結(jié)果，可以點(diǎn)擊右上角的Download File 按鈕，將結(jié)果進(jìn)行復(fù)制保存。其中結(jié)果包括功能和通路兩部分，可以后期編輯時將它們分開存放。

 DAVID的使用就介紹到這里，簡單來說，就是您有一批差異基因數(shù)據(jù)，想看看它們主要參與了那些功能和通路，通過以上DIVID的操作流程就能搞定了。注意：大家在使用該網(wǎng)站時，經(jīng)常打不開，這時建議大家換一下瀏覽器。