全長轉(zhuǎn)錄組更新

########更新版

minimap2生成的sam文件是沒有header的，那使用samtools轉(zhuǎn)bam并排序的時候會報錯，這一部分可以自己手動加上

samtools faidx genome.fa
python ~/hychao/script/get_minimap_header_from_fai.py genome.fa.fai > header
cat header movie.maped.hq.sam > new_header.sam
samtools view -bS new_header.sam|samtools sort -o new_header.sorted.bam
samtools index -c new_header.sorted.bam #可以放到IGV里查看
nohup ~/hychao/biosoft/cDNA_Cupcake/cupcake/tofu/collapse_isoforms_by_sam.py --input movie.unpolished.hq.fasta -b new_header.sorted.bam -c 0.9 -i 0.85 --dun-merge-5-shorter -o tofu_hq_isoforms.fasta.no5merge &
?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
【社區(qū)內(nèi)容提示】社區(qū)部分內(nèi)容疑似由AI輔助生成，瀏覽時請結(jié)合常識與多方信息審慎甄別。
平臺聲明：文章內(nèi)容（如有圖片或視頻亦包括在內(nèi)）由作者上傳并發(fā)布，文章內(nèi)容僅代表作者本人觀點，簡書系信息發(fā)布平臺，僅提供信息存儲服務(wù)。

相關(guān)閱讀更多精彩內(nèi)容

友情鏈接更多精彩內(nèi)容