學習筆記-如何閱讀質(zhì)粒圖譜

最近因為新冠肺,遲遲不能上班,在家閑著想著也要學習,就查找了和工作相關的-學些構(gòu)建質(zhì)粒,那么首先需要學習如何看質(zhì)粒圖,下面是這兩天學習到的,總結(jié)的記錄一下:

1. 復制起始位點Ori,了解質(zhì)粒的類型(原核/真核/穿梭質(zhì)粒),Ori的箭頭指復制方向,其他元件標注的箭頭多指轉(zhuǎn)錄方向(正向)。

2.再看篩選標記,如抗性,決定使用什么篩選標記:

Ampr:水解β-內(nèi)酰胺環(huán),解除氨芐的毒性。

tetr :可以阻止四環(huán)素進入細胞。

camr:生成氯霉素羥乙酰基衍生物,使之失去毒性。

neor(kanr):氨基糖苷磷酸轉(zhuǎn)移酶,使G418(卡那霉素衍生物)失活。

hygr:使潮霉素β失活。

3. 看多克隆位點(MCS):它具有多個限制內(nèi)切酶的單一切點(質(zhì)粒上只能有該內(nèi)切酶的唯一酶切序列,不然就一刀好幾段了),便于咱們要研究的基因的插入。如果在這些位點外有外源基因的插入,會導致某種標志基因的失活,而便于篩選,最常見的是β-半乳糖苷酶的藍白斑篩選系統(tǒng)。

4.再看外源DNA插入片段大?。嘿|(zhì)粒一般只能容納小于10Kb的外源DNA片段。一般來說,外源DNA片段越長,越難插入,越不穩(wěn)定,轉(zhuǎn)化效率越低。

5.是否含有表達系統(tǒng)元件,即啟動子(promoter)-核糖體結(jié)合位點(RBS)-轉(zhuǎn)錄終止信號(AATAAA同時是poly A)。這是用來區(qū)別克隆載體與表達載體??寺≥d體中加入一些與表達調(diào)控有關的元件即成為表達載體。選用那種載體,還是要以實驗目的為準繩。

6.看報告基因:主要是為了能迅速檢查功能基因是否表達的陽性判斷,表達成功的蛋白在小鼠體內(nèi)分布位置。

7.看質(zhì)粒圖譜上的箭頭:它代表DNA兩條鏈(正義鏈和反義鏈),即質(zhì)粒是環(huán)狀雙鏈DNA,它的啟動子等在其中一條鏈上,而它的抗性基因在另一條鏈上。

上面這些只是表面,要想自己完全會構(gòu)質(zhì)粒的話還需要加深學習,問專業(yè)人士,接下來幾天加油學習。

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