如何獲取染色體長度

我們在做基因組或者轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的時候,經(jīng)常需要用到染色體的長度。今天我們就來聊聊如何獲取染色體的長度。我們以人的為例,給大家介紹兩種不同的方法,都要用到著名的公共數(shù)據(jù)庫UCSC(https://www.genome.ucsc.edu/

方法一

1.在UCSC的主頁上,點擊Genomics,

2. 然后點擊human圖標(biāo),當(dāng)然如果需要獲取其他物種的染色體長度,這里就點擊其他物種的圖標(biāo)

3.點擊View sequences,你就會看到下面這張表

這張表拖到最底下,你會發(fā)現(xiàn)有Download as file,可以把這張表下載到本地

用文本編輯器打開如下,第一列是染色體號,第二列是每一條染色體的長度。大功告成了!

方法二

1. UCSC主頁上點擊Downloads->Genome Data

2.選擇相應(yīng)的物種,這里選擇human

3.點擊Genome sequence files and select annotations下面的Standard genome sequence files and select annotations

4. 下載hg38.chrom.sizes這個文件即可,跟上面一種方法得到的結(jié)果是一樣的。

2020年文章匯總

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