Linux 基本操作
1，Linux常識
（1）查看文件：
到目標(biāo)目錄下：
cat <<END >text.fa #用cat 創(chuàng)建文件 <<之后的字符串停止編輯文件， > 之后是給文件命名
cat text.fa # 適用于文件比較小的時候閱讀，否則就會刷屏
less text.fa #比較推薦，查看后按q退出，不在命令界面留痕跡。
more text.fa #打印在命令行上。
head / tail text.fa #查看text.fa的首/尾
head / tail -n +k text.fa #較為常用，從頭/尾查看到指定的K行，比如：矩陣，tail -n +2 text.fa , 就是我的矩陣有標(biāo)題行，但是我想略過標(biāo)題行。
faste文件格式：大于號 + 序列名稱 后面才是序列
（2）常用操作
man + 命令 # 查看命令的介紹及其參數(shù)
ls -a #顯示隱藏文件（這都可以用man ls 查看）
ls -lt #按時間進(jìn)行排序 從新到舊
ls -ltr #從舊到新
pwd #獲得當(dāng)前路徑
cd + 路徑 #查找目標(biāo)目錄,后什么也不跟，就是回到家目錄 . 代表當(dāng)前目錄 ..代表上一級
du -h README.txt #查看文件大小
ls -lsh README #也是查看文件大小
mkdir + 文件名稱 #可以多加幾個文件名，同時創(chuàng)建多個文件。
mkdir -p a/b #同時創(chuàng)建a文件夾及其子目錄b
小技巧：在命令行界面，可以按ctrl + A 到命令行的開頭， CTRL + E 則是到命令行結(jié)尾
文件上下翻轉(zhuǎn)和左右翻轉(zhuǎn) ： tac: 文件翻轉(zhuǎn)，第一行變?yōu)樽詈笠恍?，第二行變?yōu)榈箶?shù)第二行； rev 每列反轉(zhuǎn)，第一個字符變?yōu)樽詈笠粋€字符，第二個字符變?yōu)榈箶?shù)第二個字符。
（3）linux下文件操作
1） 復(fù)制文件
cp filder1 filder2 ... target_dir # 將一個或多個源文件或者目錄復(fù)制到已經(jīng)存在的目標(biāo)目錄。
#常用的參數(shù)
-i #覆蓋前先詢問
-f #強(qiáng)制覆蓋
-r #遞歸拷貝
-p #保留文件或目錄的屬性，主要是文件時間，因為有時候處理文件時還需要時間的先后
-b #備份復(fù)制，若目標(biāo)文件存在，先備份之前的，再把新的覆蓋過去
-u #更新復(fù)制，若源文件和目標(biāo)文件都存在，只在源文件的修改時間比較新時才復(fù)制
2） 移動文件
mv filder target # 移動文件到目標(biāo)文件夾
# 常用的參數(shù)
-f #強(qiáng)制覆蓋
-i #覆蓋前詢問
mv 小技巧 :想給單個文件重命名的時候 ，可以使用 mv old_name new_name 。但是想給多個文件批量命名 可以使用 rename
- 創(chuàng)建軟鏈接
rename 被替換的字符串 替換的字符串 文件 #可以用*批量替換文件 eg: rename text data *fa
4）ln(link)：給文件建立快捷方式（ln -s filder target ）
注意：在建立軟連接時，原文件要使用絕對路徑。如果希望軟鏈可以讓不同的用戶訪問，不要使用 ~。 建立軟連接，是簡化文件訪問方式的一個辦法。把其它文件夾下的文件鏈接到當(dāng)前目錄，使用時只需要寫文件的名字就可以了，不需要再寫長串的目錄了
ln -s /home/lhg/data/text1 target dir #將text1在目標(biāo)文件夾建立軟鏈接
# 常用參數(shù)
-s #軟鏈接
-f #強(qiáng)制鏈接（一般用于覆蓋原有的軟鏈接）
小技巧：每次輸入絕對路徑都很麻煩，怎么能簡便呢？
pwd : 輸出當(dāng)前所在的目錄 ，這地方要注意，要在文件所在目錄下
``為鍵盤 Esc 下第一個按鍵 (與家目錄 ~‘符號同一個鍵)，寫在反引號內(nèi)的命令會被運(yùn)行，運(yùn)行結(jié)果會放置在反引號所在的位置
ln -s `pwd`/text1 target dir #將text1在目標(biāo)文件夾建立軟鏈接的快捷方式
5） 刪除命令
rm : 刪除一個或多個文件和目錄，也可以遞歸刪除所有子目錄，使用時一定要慎重。 rm 命令刪除的文件很難恢復(fù)。 rm -rf /* ,千萬不要執(zhí)行這個命令?。。。?！
rm -rf * #刪除當(dāng)前目錄下的所有文件
# 常見參數(shù)
-f #強(qiáng)制刪除
-i #刪除前詢問是否刪除
-r #遞歸刪除
5）文件壓縮和文件解壓(gzip , gunzip)
gzip filder #壓縮filder文件，默認(rèn)是將filder刪除，然后生成filder.gz
gunzip filder #解壓文件，同樣也是刪除filder.gz , 生成filder
gzip -c filder > filder.gz # 壓縮文件，但是保留filder源文件
gunzip -c filder.gz > filder #解壓文件，同樣保留filder 文件
小訣竅 ：gunzip 可以記為滾zip包，即讓zip包混蛋（解壓）
6）對fasta格式文件的常用處理
wc(what count ) : 一般使用 wc -l 獲取文件行數(shù)
wc -l data.fa #獲取data.fa的行數(shù)
grep (對每一行進(jìn)行模式匹配) ： 后跟字符串或正則表達(dá)式
grep '>' data.fa #匹配data.fa文件中'>'，返回序列的名稱
#想統(tǒng)計序列數(shù)
grep '>' data.fa | wc -l # | 是管道符號，可以將上一步命令得到的結(jié)果傳至下一命令
grep -c '>' data.fa #-c 參數(shù) ，返回序列數(shù)而不返回序列名稱
但是面對fasta文件末尾，有我們不想要的雜字符怎么辦？
grep -v '不想要的內(nèi)容' data.fa >data1.fa #-v 不輸出匹配上的行,即data1.fa是清潔數(shù)據(jù)啦
6）對序列名的修改
有兩種方式：
其一：sed ，是文件內(nèi)容編輯工具，常用于替換、取得行號等操作。
sed 's/被替換的內(nèi)容/替換內(nèi)容/' data.fa #替換掉不想用的內(nèi)容,打印在屏幕上
sed 's/被替換的內(nèi)容/替換內(nèi)容/' data.fa > data1.fa #不打印在屏幕上，輸入在data1.fa里
sed -i 's/被替換的內(nèi)容/替換內(nèi)容/' data.fa #屏幕上沒有輸出，直接在源文件改
其二：cut , 更適合于矩陣操作，去除其中的一列或者多列。 由于FASTA 文件中序列里面是沒有任何符號的，而如果名字比較長，則可以指定相應(yīng)分隔符就行cut，這樣既處理了名字，又保留了序列。
cut -f 1 -d ' ' data.fa #以空格為分隔符，保留第一列。
-f #指定取出哪一列，使用方法為-f 3 (取出第 2 列)， -f 3-5 (取出第 3-5 列)， -f 2,5 (取出第 2 和第 5 列)。注意不同符號之間的區(qū)別。
-d # 設(shè)定分隔符, 默認(rèn)為 TAB 鍵。如果某一行沒有指定的分隔符，整行都為第一列。
