1979年成立力學(xué)系，1982年成立社會學(xué)系，1983年考古學(xué)專業(yè)從歷史學(xué)系分出獨立建系，同年成立王選教授任所長的計算機科學(xué)技術(shù)研究所。北大逐步實行了校、院、系三級管理體制改革，設(shè)立了經(jīng)濟學(xué)院等多個學(xué)院。設(shè)立方正集團、北大青鳥集團等公司，促進科技成果轉(zhuǎn)化。

1979年9月，著名經(jīng)濟學(xué)家、教育家馬寅初平反，教育部任命其為北京大學(xué)名譽校長。

1996年10月、1998年5月，北大成為國家高等教育“211工程”、“985工程”首批重點建設(shè)的高校之一。

1998年5月4日，北京大學(xué)舉行百年校慶，北大的百年校慶也令世界矚目，時任聯(lián)合國秘書長安南在賀信中稱："北京大學(xué)是一個名聲顯赫的學(xué)術(shù)中心。"英國牛津大學(xué)校長盧卡斯代表前來參加慶典活動的世界60余所著名大學(xué)的校長高度評價了北京大學(xué)百年來形成的學(xué)術(shù)風(fēng)氣。美國斯坦福大學(xué)校長蓋哈爾·卡斯帕爾則在接受記者采訪時說，北京大學(xué)的百年紀(jì)念具有特殊的意義，值得來自世界各國的大學(xué)校長們在此相聚一堂。

1999年11月，許智宏院士出任北京大學(xué)校長。

2000年4月3日，同根同源的北京大學(xué)與北京醫(yī)科大學(xué)合并，組建了新的北京大學(xué)。原北京醫(yī)科大學(xué)的前身是國立北京醫(yī)學(xué)專門學(xué)校，創(chuàng)建于1912年10月26日。20世紀(jì)三、四十年代，學(xué)校一度名為北平大學(xué)醫(yī)學(xué)院，并于1946年7月并入北京大學(xué)。1952年在全國高校院系調(diào)整中，北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院脫離北京大學(xué)，獨立為北京醫(yī)學(xué)院。1985年更名為北京醫(yī)科大學(xué)。1996年成為國家首批“211工程”重點支持的醫(yī)科。2001年，北大啟動“元培計劃”，貫徹“加強基礎(chǔ)，淡化專業(yè)，因材施教，分流培養(yǎng)”的辦學(xué)方針，實踐新的人才培養(yǎng)模式。

2001－2002年，北京大學(xué)先后組建、成立了政府管理學(xué)院、新聞與傳播學(xué)院、物理學(xué)院、地球與空間科學(xué)學(xué)院、環(huán)境學(xué)院、信息科學(xué)技術(shù)學(xué)院、軟件學(xué)院、對外漢語教育學(xué)院。

2002年2月，時任北大計算機科學(xué)技術(shù)研究所所長、北大方正技術(shù)研究院院長王選院士獲得2001年度國家最高科學(xué)技術(shù)獎，他是中? 國現(xiàn)代印刷革命的奠基人，被人們譽為“當(dāng)代畢升”。

2014年5月，北大啟動“燕京學(xué)堂”項目，為來自海內(nèi)外一流大學(xué)的學(xué)生開設(shè)的一年制“中? 國學(xué)”碩士學(xué)位。

2018年，北大匯豐商學(xué)院將設(shè)牛津校區(qū)，該校區(qū)主要招收英國和歐洲其他國家的學(xué)生，修讀北大金融學(xué)、管理學(xué)、經(jīng)濟學(xué)碩士學(xué)位。