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思維導(dǎo)圖
Linux軟件安裝步驟一覽
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分布講解
1.下載miniconda
百度清華開(kāi)源軟件鏡像站，找到下圖位置
Miniconda鏡像使用幫助
通過(guò)命令
uname -a確定自己服務(wù)器是多少位的從而確定安裝包類(lèi)型是32-bit還是64-bit
x86_64
找到Linux 64位的最新版本，右鍵復(fù)制下載鏈接，在命令行中使用
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh從而實(shí)現(xiàn)將miniconda下載到服務(wù)器上
miniconda下載至服務(wù)器成功！
2.安裝miniconda
此時(shí)安裝包已經(jīng)存在于我的文件夾中了
miniconda存在于bio05文件夾中
使用命令
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh即可安裝miniconda經(jīng)歷若干次enter/yes后安裝成功
miniconda安裝成功
中間出現(xiàn)了一個(gè)小插曲，后退鍵backspace不知道為何失去了它的后退作用，打出來(lái)就是
^H，上下左右鍵也都有問(wèn)題，雖然不知道什么原因，不過(guò)還是在CSDN的這篇帖子里暫時(shí)把問(wèn)題給解決了——linux 用Backspace鍵突然出現(xiàn)^H的問(wèn)題
最后輸入source ~/.bashrc進(jìn)行激活，若輸入conda有滿屏信息則說(shuō)明激活成功
3.添加鏡像并安裝fastqc軟件
首先，添加中科大鏡像
使用中科大的鏡像，代碼來(lái)源：生信星球
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
安裝軟件fastqc，使用命令conda install fastqc -y
在conda list中可以找到fastqc證明安裝成功
卸載fastqc，使用命令
conda remove fastqc -y
4.配置環(huán)境實(shí)現(xiàn)分身
首先，使用命令conda info --envs確定當(dāng)前環(huán)境
默認(rèn)環(huán)境為base
創(chuàng)建一個(gè)新環(huán)境名為bioinfomatics，需要安裝版本為3的python、fastqc、trimmomatic這三個(gè)軟件，代碼如下
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y，但這個(gè)環(huán)境并非默認(rèn)環(huán)境，需要激活
環(huán)境激活成功
利用命令
conda deactivate退出該環(huán)境
退出環(huán)境成功
