????組學(xué)數(shù)據(jù)為揭示生物學(xué)規(guī)律提供了有效方式。在基于組學(xué)的差異表達(dá)分析時(shí)需要將統(tǒng)計(jì)學(xué)方法和可視化結(jié)果相結(jié)合，來(lái)闡述分析結(jié)果。今天介紹一下基于組學(xué)的差異分析中涉及到的各種可視化表達(dá)方式。
1. 柱狀圖
柱狀圖通過(guò)高度對(duì)比直觀展示數(shù)據(jù)間差別，可以用于描述兩組數(shù)據(jù)的平均值的差異性。通常柱狀圖上方根據(jù)標(biāo)注差添加Bar。
2. 盒圖、小提琴圖：
柱狀圖主要描述平均值大小，無(wú)法反映出數(shù)據(jù)整體分布情況，這時(shí)我們可以采用盒圖和小提琴圖。盒圖又稱為盒須圖、盒式圖、盒狀圖或箱線圖，是一種用作顯示一組數(shù)據(jù)分散情況資料的統(tǒng)計(jì)圖。利用盒圖可以清晰顯示兩組不同條件下獲得的組學(xué)數(shù)據(jù)中某個(gè)基因/代謝物等生物分子的差異表達(dá)情況。
小提琴圖：跟箱形圖類似,但是在密度層面展示更好。在數(shù)據(jù)量非常大不方便一個(gè)一個(gè)展示的時(shí)候小提琴圖特別適用。
利用R語(yǔ)言ggplot2包可以輕松實(shí)現(xiàn)上述統(tǒng)計(jì)圖形的繪制。
模擬數(shù)據(jù)
由于ggplot2包基于dataframe數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)進(jìn)行繪圖，所以轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)格式：
a. 繪制柱狀圖
b. 盒圖與小提琴圖
盒圖和小提琴圖需要根據(jù)原始數(shù)據(jù)對(duì)數(shù)據(jù)分布情況進(jìn)行可視化，因此不需要提前進(jìn)行均值、方差計(jì)算，需要給出數(shù)據(jù)值及數(shù)據(jù)所對(duì)應(yīng)的對(duì)比條件。
繪制盒圖
同時(shí)，我們可以設(shè)定盒圖上是否以散點(diǎn)圖形式同時(shí)顯示原始數(shù)據(jù)分布
小提琴圖繪制:
