大多數(shù)科研文章都離不開圖表，尤其是圖，熟悉一些繪圖軟件，并將圖在文章和PPT中展示出來，是科研訓(xùn)練的重要內(nèi)容。漂亮的文章配圖能給自己的工作加不少分，生信寶典推出R的系列教程ggplot2高效實用指南 (可視化腳本、工具、套路、配色)講解通過R語言繪制高顏值圖。后來為了更加方便使用，生信寶典團隊開發(fā)了在線繪圖工具www.ehbio.com/ImageGP，支持14中常見圖形和部分擴增子分析，深受歡迎，日均訪問400次，累計訪問數(shù)十萬次，遍及世界各大洲，功能也在一直增加完善中。
后臺不少朋友說有更多繪圖的需求，故整理了Graphpad的使用，一是傳播知識，二是向優(yōu)秀軟件學(xué)習(xí)，讓在線繪圖越來越好。 Graphpad ， Origin和SigmaPlot是科研領(lǐng)常用的三款統(tǒng)計作圖軟件，他們各有優(yōu)缺點，經(jīng)常需要配合使用。
今天給大家介紹的是Graphpad的基本使用方法
了解Graphpad的圖表類型
下面是Graphpad的歡迎界面
從方框1處可知Graphpad Prism 6為用戶提供了6種基本統(tǒng)計圖表選擇；方框2處是對所選類型圖表的解釋說明，點擊Learn more查看官方幫助文檔；方框3處可以選擇某一類型圖表下的小分類；方框4處則提供了演示數(shù)據(jù)集，方便新手入門。
6種統(tǒng)計圖表類型的說明和使用的統(tǒng)計方法介紹如下：
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XY：
介紹： 即用XY坐標系確定一個點的位置。當數(shù)據(jù)有多個重復(fù)時，可以計算平均值和標準差等，繪圖時可以插上誤差線。
統(tǒng)計方法： 線性回歸、非線性回歸、相關(guān)分析。
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column：柱狀圖
介紹： 分組指標只有一個，比如治療組與對照組。
統(tǒng)計方法： 單樣本t檢驗、配對t檢驗、成組t檢驗、單樣本秩和檢驗、兩組獨立樣本秩和檢驗、多組獨立樣本秩和檢驗、單因素方差分析。
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grouped：二維分組柱狀圖
介紹： 分組指標有多個，比如統(tǒng)計治療組與對照組在男性和女性患者的不同情況。
統(tǒng)計方法： 兩因素方差分析、重復(fù)測量的兩樣本方差分析。
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contingency：列聯(lián)表
介紹： 看起來和grouped組合圖很像，區(qū)別在于沒有誤差線，那是因為沒有重復(fù)測量值，一個柱子就是一個值。
統(tǒng)計方法： 卡方檢驗、Fisher精確檢驗。
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survival：生存曲線圖
統(tǒng)計方法： 單因素生存曲線比較。
parts of whole：部分占總體的比例，常用餅圖表示。
分組柱狀圖作圖演示
在此選擇grouped下提供的第二個現(xiàn)成數(shù)據(jù)集進行作圖演示。選好后直接點擊creat即可。
操作主界面
上一步之后我們便進入了graphpad操作的主界面，
方框1處展示的是我們的數(shù)據(jù)，每個大組表示三種不同的細胞系（wild-type cells、GPP5 cell line和GPP7 cell line）；每行表示不同的處理（血清饑餓和正常培養(yǎng)）；每組5個平行重復(fù)。
該實驗數(shù)據(jù)存在缺失值，如第一行的A:Y4。
方框2處是一個目錄樹
Data Tables：點擊后展示分析的數(shù)據(jù)集；
Info：點擊此處顯示數(shù)據(jù)的基本信息，并可以新增一些備注描述；
Results：生物統(tǒng)計分析結(jié)果展示（接下來會講到）；
Graphs：當錄入數(shù)據(jù)之后，點擊該圖標可初步生成一個統(tǒng)計圖，之后根據(jù)統(tǒng)計分析結(jié)果稍加修改即可；
Layouts：對多個圖表進行排版。
選擇作圖類型
導(dǎo)入數(shù)據(jù)后，點擊Graphs即可出圖，如下：
在這個界面中，可以根據(jù)自己的需求改變圖的類型。初學(xué)者要敢于亂點，自己試試不同的選項，就能知道每部分是什么功能了。（嘗試出真知）
Graph family：改變圖表類型，就是最開始提到的6種；
plot individual values和plot summary data：顧名思義，前者把每組實驗5個平行的值都展示到了圖中，后者展示的是平均值。選擇合適的分組作圖方式；
Interleaved bars：誤差棒，點擊Plot下拉框，按照不同的統(tǒng)計分析給圖加上誤差棒，一般選擇
Mean with SD。
統(tǒng)計分析
上面初步作出的統(tǒng)計圖并沒有展示諸如組間差異的統(tǒng)計分析結(jié)果，那我們要怎么添加*以展示組間差異呢？
在歡迎界面有enter and plot error values already calculated elsewhere選項，說明可以從外部導(dǎo)入在別處做好的統(tǒng)計分析結(jié)果，那是要去其他地方做好計算再來作圖嗎？
不需要！因為Graphpad上便可直接做統(tǒng)計分析！??！雖然可以在別的地方先做好分析，但是并不建議這樣做，直接一個操作更便捷。
首先確定我們的分析目標：
1）評估細胞系之間的差異是否超過預(yù)期；
2）評估處理之間的差異是否超過預(yù)期的偶然性；
3）評估處理之間的差異是否與每種細胞系一致；
4）計算不同處理的細胞系之間差異的95％置信區(qū)間。
因此我們需要進行兩因素的方差分析，點擊Analyze，從Grouped分析列表中選擇Two-way ANOVA，并接受對話框中的所有默認選項。Graphpad人性化之處在于，會自動識別當前分析的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，給用戶展示出最優(yōu)的默認分析選項。
之后的具體分析便需要一定的統(tǒng)計學(xué)知識了，初生牛犢別怕試，你會發(fā)現(xiàn)點擊不同的選項時，圖示也會跟著變化，十分方便用戶理解。
1）第一部分：實驗設(shè)計，最開始提到了該組數(shù)據(jù)是非配對的，選第一；
2）第二部分：多重比較選擇，就是你想要橫著比還是豎著比或是斜著比；
3）第三部分：選擇做統(tǒng)計分析的一些參數(shù)。
上面都設(shè)置好后，點擊OK，分析結(jié)果會展示到操作主界面，并且保存到左側(cè)目錄樹下的Results文件夾中。
完善改進統(tǒng)計圖
1. 圖形編輯工具欄介紹
1）第一部分：文檔操作模塊，跟office類似，如打開、新建、保存、復(fù)制粘貼等；
2）第二部分：數(shù)據(jù)分析，即之前演示的對錄入數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計分析；
3）第三部分：圖形編輯，這部分是該軟件的精華所在?？蓪D形進行例如圖形類型、坐標軸、誤差棒、圖形大小、顏色等編輯更改；
4）第四部分：文字編輯，可以在統(tǒng)計圖上插圖線條、添加文字等；
5）第五部分：圖形輸出，可將做好的圖導(dǎo)出、打印或輸出到word/PPT中。
2. 根據(jù)之前的統(tǒng)計分析結(jié)果，利用文字編輯工具給統(tǒng)計圖添上組間差異的標志
1）draw：可以插入不同形狀的線；
2）write：編輯文字，插入公式等；
3）雙擊圖形中的任一元素，可對文字、線條等進行形狀、大小、粗細等編輯
3. 坐標軸調(diào)整
點擊Change中的第二個圖標，或者在圖中雙擊坐標軸，調(diào)出坐標調(diào)整工具；
坐標軸整體設(shè)置和X軸設(shè)置，見圖解，一般不做太多改動；
[圖片上傳失敗...(image-3823b4-1544149793649)]
重點講解如何設(shè)置Y軸，做出截斷圖，這是統(tǒng)計作圖中常見的問題。
之前的數(shù)據(jù)相差不大，不太適合做演示，故另外生成了一個柱狀圖。左邊柱子值太大，右邊柱子值太小，右側(cè)的柱子幾乎消失了，使圖看起來很不協(xié)調(diào)。做一個截斷圖可以很好地解決該問題。
1）點擊坐標設(shè)置中的Left Y axis（一般作圖默認只生成左邊的Y軸）；
2）Gaps and Direction處選擇Two segments，即將Y軸斷裂成兩部分（根據(jù)實際數(shù)據(jù)，還可以選擇將Y軸斷裂成3段）；
3）在Segment處，對下段（Bottom）和上段（Top）的Y軸分別設(shè)置參數(shù)（Rang）；
4）然后在Regularly spaced ticks下的Major ticks interval處設(shè)置Y軸數(shù)值標簽；
length：50%，上下段的長度各一半；
minimum：下段最小值0，上段最小值150；
maximum：下段最大值10，上段最大值200；
Major ticks：下段每格大小為2，上段每格大小為10。
這樣便將Y軸10-150中間部分截掉了，整個圖便顯得好看多了。
4. 顏色修改
點擊Change中的最后一個圖標，或者在圖中雙擊柱子，調(diào)出調(diào)整參數(shù)的工具框；
利用graphpad做統(tǒng)計圖的基本操作大概就是以上這些內(nèi)容，掌握一個工具的使用方法并不難，多試試便會了。難的是背后的統(tǒng)計學(xué)知識，如何對自己的數(shù)據(jù)選擇合適的統(tǒng)計分析方法？當掌握不同分析方法適用于哪些數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)后，便可以舉一反三，對不同實驗設(shè)計的數(shù)據(jù)做合適的分析了。
