有關(guān)基因組大小的單位換算

原先一直以為測(cè)序的bp和byte是等價(jià)的，原來(lái)對(duì)fastq來(lái)說(shuō)，其實(shí)：

4 bases = 1 byte\\

利用

1 Kilo base pairs (KB) = 1,000 BP\\ 1 Mega base pair (MB) = 1,000,000 BP or 1000 KB\\ 1 Giga base pairs (Gb) = 1,000,000,000 BP or 1000 MB\\ 1 Terra base pairs (TB) = 1000 GB\\ 1 Peta base (PB) = 1000 TB\\

(公式要怎么換行??？)

舉例：

如果測(cè)序reads總量4,000,000，average read length為150bp，基因組大小是50M，估算基因組coverage/depth大?。?/p>

應(yīng)該是，

總長(zhǎng) 4,000,000x150 bp=600,000,000 bp /4=150,000,000 BT=150M

但其實(shí)fastq格式儲(chǔ)存的數(shù)據(jù)大小要比實(shí)際的數(shù)據(jù)量虛高一些，所以實(shí)際的fastq文件要大。

coverage=測(cè)序數(shù)據(jù)大小150M/基因組大小50M = 3

結(jié)語(yǔ)：

熟知單位換算對(duì)預(yù)測(cè)測(cè)序結(jié)果提前估量有一定的幫助，當(dāng)測(cè)序結(jié)果未達(dá)到要求時(shí)，可以合理要求測(cè)序公司對(duì)不符合的樣本重新上機(jī)測(cè)序。有關(guān)問(wèn)題歡迎一起來(lái)探討啊

參考：

Base vs Byte: Estimating the storage requirement of sequencing - SEQOME

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