本筆記來源于B站Up主: 有Li 的影像組學(xué)系列教學(xué)視頻
本節(jié)(21)主要介紹: 壓箱底的好用軟件推薦
[注]：李博士主要從事腦神經(jīng)領(lǐng)域的研究，所以部分軟件具有專業(yè)性。

dicom到nifti的格式轉(zhuǎn)換：
AFNI (https://afni.nimh.nih.gov/)
dcm2niix_afni

影像預(yù)處理：
TORTOISE(https://tortoise.nibib.nih.gov/) ，并結(jié)合AFNI
3dresample: 對結(jié)構(gòu)像插值
3dAFNItoNIFTI: 格式轉(zhuǎn)換
ImportNIFTI: 導(dǎo)入DTI影像
DIFFPREP: 扭曲和運動校正
TORTOISEBmatrixToFSLBVecs: 生成bval, bvec 文件

配準：
ants (https://stnava.github.io/ANTs/)
antsRegistrationSyNQuick.sh 配準
antsApplyTransform 轉(zhuǎn)換

ADC, FA 等參數(shù)圖計算：
MRtrix3 (https://mrtrix.readthedocs.io/)
mrconvert: nii 到mif 的格式轉(zhuǎn)換
dwi2tensor, dwi2mask, tensor2metric

影像矩陣的數(shù)值計算、變換等：fsl
fsl, fslmaths, fslswapdim, 等

纖維追蹤
MRtrix3 (https://mrtrix.readthedocs.io/)