【202301】
Q:write a genome assembly and annotation pipeline for each step with bioinformatic tool references
A:基因組組裝與注釋流程如下：
- 原始數(shù)據(jù)處理：
- 長度過濾：使用Trimmomatic（http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic）對長度過短的讀長進(jìn)行過濾。
- 去重：使用FASTX-Toolkit（http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/）對重復(fù)的讀長進(jìn)行去重。
- 合并：使用PEAR（https://sco.h-its.org/exelixis/web/software/pear/）將同一樣品的讀長進(jìn)行合并。
- 基因組組裝：
- De novo組裝：使用SPAdes（http://cab.spbu.ru/software/spades/）或ABySS（https://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss）對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行De novo組裝。
- 參考比對：使用BWA（http://bio-bwa.sourceforge.net/）或Bowtie2（http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml）將組裝結(jié)果與參考基因組進(jìn)行比對。
- 基因預(yù)測：
- 基因預(yù)測：使用AUGUSTUS（http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/）或SNAP（http://snap.cs.berkeley.edu/）對比對結(jié)果進(jìn)行基因預(yù)測。
- 基因注釋：
- 序列比對：使用DIAMOND（https://github.com/bbuchfink/diamond）或BLAST（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）將預(yù)測出的基因序列與已知數(shù)據(jù)庫（如UniProt，NCBI NR等）進(jìn)行比對。
- 功能分配：使用InterProScan（https://www.ebi.ac.uk
