3#genome# 利用相似網(wǎng)絡對生物合成基因簇進行分析可區(qū)分和預測天然產物的結構變異

M?nnle D, McKinnie SMK, Mantri SS, et al (2020) Comparative Genomics and Metabolomics in the Genus Nocardia. mSystems 5:1–19. https://doi.org/10.1128/mSystems.00125-20

使用自動基因組分析工具,通常不清楚同源生物合成途徑中的遺傳變異與結構變異的關系程度。這阻礙了菌株優(yōu)先度和化合物識別,并可能導致對化學多樣性的過度解讀。評估了諾卡氏菌(Nocardia)的代謝潛力。諾卡氏菌是一種未被充分研究的放線菌屬,已知包含機會性人類病原體。揭示了大量不同類別的假定生物合成基因簇。使用nocobactin-like類鐵載體的高度保守生物合成途徑來研究基因簇差異如何與所產生化合物的結構差異相關。BiG-SCAPE(生物合成基因相似性聚類和勘探引擎)生成的序列相似性網(wǎng)絡顯示了幾個不同的基因簇家族的存在。利用高度嚴格的相似網(wǎng)絡對生物合成基因簇進行大規(guī)模分析,可以區(qū)分和預測天然產物的結構變化。


to what degree 程度
homologous 同源
prioritization 優(yōu)先次序
underinvestigated 缺乏研究
a plethora of 大量

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