論文

Structure and function of the soil microbiome underlying N2O emissions from global wetlands

https://www.nature.com/articles/s41467-022-29161-3#Sec21

沒有找到論文的代碼，但是論文的數(shù)據(jù)是公開的，可以用論文中的數(shù)據(jù)復(fù)現(xiàn)一下論文中的結(jié)果，今天的推文試著復(fù)現(xiàn)一下論文中的figure1a

世界地圖的數(shù)據(jù)

ggplot2自帶了一份地圖數(shù)據(jù)，可以直接使用，這里需要注意的是我們畫的是沒有國家邊界的世界地圖，如果是帶有國家邊界的地圖，使用數(shù)據(jù)的時候需要小心。

ggplot2畫地圖

library(ggplot2)
world<-map_data("world")
ggplot() +
  geom_polygon(data=world,aes(x=long,y=lat,group=group),
               fill="#dedede")+
  theme_bw()+
  scale_y_continuous(expand = expansion(mult=c(0,0)))+
  scale_x_continuous(expand = expansion(add=c(0,0))) -> world.map

world.map

image.png

采樣地點(diǎn)部分?jǐn)?shù)據(jù)

image.png

讀取數(shù)據(jù)

library(readxl)

dat01<-read_excel("data/20220603/NC/41467_2022_29161_MOESM12_ESM.xlsx",
                  sheet = "Fig.1a")
head(dat01)

給數(shù)據(jù)集增加新的一列

dat01 %>% 
  mutate(n2o=case_when(
    N2O<10 ~ "-2..10",
    N2O >= 10 & N2O < 100 ~ "10..100",
    N2O >= 100 ~ "100..500"
  )) -> new.dat01

作圖代碼

library(ggstar)
world.map + 
  geom_star(data=dat01,
             aes(x=Longitude,y=Latitude,
                 starshape=Land_use,
                 color=`AamoA/nir`,
                 fill=`AamoA/nir`),
            size=4,
            position = position_jitter(width = 10,
                                       height = 10,
                                       seed = 1234))+
  scale_starshape_manual(values=c(11:15,20,9))+
  scale_fill_gradient2(low = "#429eb3",
                       mid = "#e9c922",
                       high = "#f22101",
                       midpoint = 0.5)+
  scale_color_gradient2(low = "#429eb3",
                       mid = "#e9c922",
                       high = "#f22101",
                       midpoint = 0.5) -> world.map.01


world.map.01 +
  geom_point(data=new.dat01,
             aes(x=Longitude,y=Latitude,
                 shape=n2o),
             position = position_jitter(width = 10,
                                        height = 10,
                                        seed = 1234))+
  scale_shape_manual(values = c(3,4,8),
                     name= expression("A^2"))+
  theme(#legend.position = c(0.5,0.5),
        legend.background = element_rect(fill = "transparent"))+
  labs(x="Longitude",y="Latitude")

image.png

這里遇到兩個問題

• 1 這里有三個圖例，有沒有辦法用代碼調(diào)整每個圖例的位置呢？暫時沒有找到解決辦法

• 2 圖例的標(biāo)題如何用代碼設(shè)置上下標(biāo)暫時沒有找到解決辦法

這連個問題目前的解決辦法是出圖后編輯圖片

采樣地點(diǎn)數(shù)據(jù)可以到論文中去下載，代碼可以在推文中復(fù)制，如果需要我整理好的代碼可以給推文打賞1元獲取

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