論文是 Whole-genome resequencing of 445 Lactuca accessions reveals the domestication history of cultivated lettuce

image.png

這篇論文的數(shù)據(jù)是公開的，我們可以試著用公開的數(shù)據(jù)復(fù)現(xiàn)一下論文中用來展示數(shù)據(jù)的圖。第一個(gè)圖是使用地圖來展示實(shí)驗(yàn)樣本的地理分布。論文中寫道 畫圖是使用ggplot2，作圖數(shù)據(jù)來自 the Natural Earth dataset (http://www.naturalearthdata.com).

The world map was constructed using the R package ggplot2 with the Natural Earth dataset.

(http://www.naturalearthdata.com) 這個(gè)鏈接的數(shù)據(jù)怎么下載暫時(shí)沒有搞明白。查了一下，發(fā)現(xiàn)R語言里有專門的包來獲取這個(gè)地圖數(shù)據(jù)，參考鏈接是 https://slcladal.github.io/maps.html

先安裝獲取地圖數(shù)據(jù)的兩個(gè)包

install.packages("rnaturalearth")
install.packages("rnaturalearthdata")

這個(gè)地方還需要安裝rgeos這個(gè)包，要不然會(huì)遇到報(bào)錯(cuò)

Error in st_as_sfc.SpatialPolygons(sp::geometry(x), ...) : 
  package rgeos required for finding out which hole belongs to which exterior ring

image.png

這個(gè)地方我試著用install.packages("rgeos")來安裝沒有成功

image.png

然后就直接下載了包的源碼進(jìn)行本地安裝，成功

下載鏈接

https://cran.r-project.org/web/packages/rgeos/index.html

image.png

image.png

畫地圖

library(ggplot2)
# gene world map
ggplot(data = world) +
  geom_sf() +
  labs( x = "Longitude", y = "Latitude") +
  ggtitle("World map",
          subtitle = paste0("(", 
                            length(unique(world$admin)),
                            " countries)"))

image.png

那么應(yīng)該如何給海洋的部分填充藍(lán)色呢？上面提到的鏈接里是直接把背景改成藍(lán)色就好了

library(ggplot2)
# gene world map
ggplot(data = world) +
  geom_sf(fill="white") +
  labs( x = "Longitude", y = "Latitude") +
  # ggtitle("World map",
  #         subtitle = paste0("(", 
  #                           length(unique(world$admin)),
  #                           " countries)"))+
  theme_bw()+
  theme(#plot.background = element_rect(fill = "aliceblue"),
        panel.grid = element_blank(),
        panel.background = element_rect(fill = "aliceblue"))+
  labs(x=NULL,y=NULL)

image.png

這個(gè)圖對應(yīng)的是論文中fig1a中右上角的完整地圖，但是還沒有添加表示取樣地點(diǎn)的點(diǎn)和表示樣本比例的餅圖

image.png

• 接下來就是如何添加表示比例的餅圖了
• 如何只顯示部分區(qū)域呢？

這兩個(gè)問題有時(shí)間再來研究吧！

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• https://www.datanovia.com/en/blog/how-to-create-a-map-using-ggplot2/
  這個(gè)鏈接也是介紹畫地圖的