今天的推文繼續(xù)重復(fù)論文中的原圖

在簡(jiǎn)書 土豆學(xué)生信 分享的內(nèi)容看到這篇論文 簡(jiǎn)書的鏈接是 http://www.itdecent.cn/p/bbf9cb13b41a

論文是

image.png

論文對(duì)應(yīng)的代碼是公開的 https://github.com/ajwilk/2020_Wilk_COVID

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今天重復(fù)的內(nèi)容是論文中的figure2f

image.png

今天的推文主要介紹其中的氣泡圖，明天的推文介紹如何向氣泡圖上疊加樹形圖

按照論文提供的代碼得到了畫圖用到的數(shù)據(jù)，部分?jǐn)?shù)據(jù)如下

image.png

但是用他提供的畫圖代碼沒有能夠畫出圖來。因?yàn)樗玫搅艘粋€(gè)dot_plot()函數(shù)，沒有找到這個(gè)函數(shù)是怎么來的。既然已經(jīng)拿到了數(shù)據(jù)，就用ggplot2自己來畫吧

讀入數(shù)據(jù)

data.final<-read.csv("NM/figure2f.csv",header=T)
head(data.final)

image.png

基本的散點(diǎn)圖

ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+
  geom_point()

image.png

用Average expression映射顏色，用Percent expressed映射點(diǎn)的大小

ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+
  geom_point(aes(size=`Percent expressed`,
                 color=`Average expression`))

image.png

接下來是設(shè)置主題的一些內(nèi)容

包括

• 去掉灰色背景
• 調(diào)整坐標(biāo)軸字體方向
• 去掉坐標(biāo)軸標(biāo)題
• 更改配色

ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+
  geom_point(aes(size=`Percent expressed`,
                 color=`Average expression`))+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        axis.text.x=element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5))+
  scale_color_gradient(low="lightgrey",high="blue")+
  labs(x=NULL,y=NULL)

image.png

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遇到的問題：大家知道dot_plot()這個(gè)函數(shù)是哪來的嗎？