序列格式轉(zhuǎn)化推薦看看SeqKit，TBtools等已有軟件，能用則用。

fasta格式轉(zhuǎn)fastq格式

• 比對(duì)軟件比如bowtie并不支持比對(duì)fasta格式的文件，所以需要把fasta轉(zhuǎn)為fastq格式，但是fasta和fastq相比缺少質(zhì)量值，所以只能偽造一個(gè)加上去，這里用到seqtk來(lái)偽造，從而把fasta格式轉(zhuǎn)fastq格式。作者：今天沒(méi)回家
  seqtk seq test.fa -F "J" > test.fq

參考文章

• fasta格式轉(zhuǎn)fastq格式

批量修改fasta文件的序列名

轉(zhuǎn)載自BioInfo Voyager的博客，感謝他的分享！

• 1. 準(zhǔn)備輸入的fasta序列文件input_file（要求序列名中不包含第二步輸入序列集的分隔符）
• 2. 準(zhǔn)備輸入的替換集replace_file, 兩列，/t分隔（分隔符可以在腳本里修改）
• 3. 使用以下python腳本，保存腳本為change_fa_name.py（腳本名稱(chēng)可以自定義）。

from sys import argv
import sys
 
input_file = argv[1]
replace_file = argv[2]
output_file = argv[3]
 
with open(input_file, 'r') as f:
    fasta_lines = f.readlines()
 
replacements = {}
with open(replace_file, 'r') as f:
    for line in f:
        (old_str, new_str) = line.strip().split('\t')
        replacements[old_str] = new_str
 
with open(output_file, 'w') as f:
    for line in fasta_lines:
        if line.startswith('>'):
            seq_id = line.split('>')[1].strip()
            if seq_id in replacements: 
                new_seq_id = replacements[seq_id]
                line = line.replace(seq_id, new_seq_id)
                f.write(line)
            else:
                print(seq_id + ' is not in the replacement set, the program exits running, please check your replacement set!')
                sys.exit()
        else:
            f.write(line)

保存腳本并運(yùn)行

python change_fa_name.py input_file replace_file output_file