一：搜索其他保守蛋白結(jié)構(gòu)域
需要準(zhǔn)備的文件有：NBS蛋白序列，TIR.hmm和RPW8.hmm
$hmmsearch --cut_tc --domtblout RPW8.out RPW8.hmm final_all_NBS-ARC_qua.fa
$hmmsearch --cut_tc --domtblout TAIR.out TIR.hmm final_all_NBS-ARC_qua.fa
二：擬南芥NPS基因家族含有哪些motif
識(shí)別motif的軟件用meme。
$meme nbs_pep.fa -protein -oc nbs_motif -nostatus -maxsize 600000 -mod anr -nmotifs 10 -minw 6 -maxw 50
motif重要參數(shù)
運(yùn)行結(jié)果會(huì)生成一個(gè)文件夾，里面包含：
1.motif的png圖片；
2.eps文件是一個(gè)矢量圖，可以導(dǎo)入到AI中查看；
3.還包含一個(gè)html的網(wǎng)頁版信息；
4.hml文件可以導(dǎo)入到tbtools中獲取motifs在基因上的位置信息圖加以修改。
png
html
在html中可以下載類容到AI中編輯美化。
我們將xml文件導(dǎo)入到tbtools中，利用其圖片轉(zhuǎn)換功能。
序列太多了，所以圖就這樣了。
