簡介

The liftOver tool is useful if you wish to convert a large number of coordinate ranges between assemblies.

在線版

UCSC Genome browser中的Tools中有l(wèi)iftover的在線版工具Lift Genome Annotations。在線版liftover可以進(jìn)行相同物種不同版本基因組間的轉(zhuǎn)換，也可以進(jìn)行不同物種間的轉(zhuǎn)換。

本地版

本地版的liftover只能在linux系統(tǒng)中以命令行的形式運(yùn)行。

下載地址與安裝

wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver #下載liftover
chomd +x ./liftover #更改下載的liftover的執(zhí)行權(quán)限
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/liftOver/hg19ToHg38.over.chain.gz #下載從hg19到hg38版轉(zhuǎn)換的注釋文件，其他的注釋文件可以在http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html#human中的LiftOver files下載

liftover使用

1.將liftOver變?yōu)榭蓤?zhí)行文件（chomd +x ./liftover）

2.執(zhí)行，參數(shù)為inputfile，over.chain.gz，outputfile，unmapfile

3.inputfile為帶轉(zhuǎn)換的bed格式文件；over.chain.gz為轉(zhuǎn)換的注釋文件；outputfile為輸出的文件；unmapfile為未成功轉(zhuǎn)換的文件

hg19>hg38轉(zhuǎn)換

./liftOver hg19_ICGC_donor_SNP.bed hg19ToHg38.over.chain.gz hg19tohg38_ICGC_donor_SNP.bed hg19_ICGC_donor_SNP_unmapped.bed