想要給一個轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果添加注釋信息，尤其是“轉(zhuǎn)錄本類型”信息，這樣便于我之后分析時重點關(guān)注“protein coding”的轉(zhuǎn)錄本。于是就搜索發(fā)現(xiàn)了建明老師開發(fā)的這個神奇的包AnnoProbe。看了一下筆記很好安裝的樣子，結(jié)果遭遇了很多問題。
首先安裝devtools
install.packages('devtools')
library(devtools)
然后
install_github('jmzeng1314/AnnoProbe')
然后就是各種報錯：
后來我發(fā)現(xiàn)大部分時候的報錯其實是網(wǎng)絡(luò)問題導(dǎo)致的，就是該下載的東西沒下載全。我的經(jīng)驗是不要放棄，一直試或者找個網(wǎng)絡(luò)好的地方。我就是之前一直用手機(jī)熱點下載不了，正好回原來的實驗室有事用所里的網(wǎng)很快就搞定了。但還是出現(xiàn)了其他的問題，實在看不懂怎么回事，我還發(fā)微信問了建明老師。盡管之前機(jī)緣巧合加了一年的微信，一直沒好意思向他提問，沒想到他很快回復(fù)了（感動??），于是就有了這篇筆記。
這個時候我一直在關(guān)注最后一段話，后來發(fā)現(xiàn)缺少 “xml2” 包才是關(guān)鍵。安裝用install.packages(“xml2”)就可以搞定。成功！
使用示例：
library(AnnoProbe)
mycounts<-read.csv("1121.csv")
這個文件X這一列是Ensembl ID，我用的是人類細(xì)胞的測序結(jié)果
IDs <- mycounts$X
ID_type = "ENSEMBL"
annoGene(IDs, ID_type,out_file ='convert.csv')
輸出結(jié)果為：
結(jié)果我們可以看到是按照基因在染色體上的位置排序的。這里想給建明老師提一個小小的建議：結(jié)果可不可以選擇按輸入的順序輸出，并且把沒有找到注釋信息的轉(zhuǎn)錄本那行空出來。
最后非常非常感謝建明老師和廣大的生信工作者開發(fā)出這么多好用的工具供我們使用，大大提高了我們的工作效率。
