“差異基因kegg注釋圖”是轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果的重要組成部分，能夠幫助大家了解差異基因分屬于哪些代謝通路，文章中如果能夠插入下面這類圖來說明樣品間的差異，一定會(huì)為你的文章增色不少。

下面給大家介紹一下如何在Windows下對(duì)差異基因進(jìn)行kegg注釋。

一、輸入數(shù)據(jù)準(zhǔn)備：

首先要準(zhǔn)備的是各比較組（比如CK1比上Treat1）的差異基因列表，一般公司做完的標(biāo)準(zhǔn)分析結(jié)果里已經(jīng)包含這部分內(nèi)容了，通常在“DEG_Analysis”文件夾里，我們用到的信息是“基因ID”和“regulated”（up代表上調(diào)，down代表下調(diào)）兩列，如下圖所示的第一列和最后一列：

接下來需要添加一列，將“regulated”里的“up”標(biāo)記成“red”，“down”標(biāo)記成“green”，這樣后面做出來的kegg注釋圖里上調(diào)基因就會(huì)顯示為紅色，下調(diào)基因顯示為綠色。具體方法是在第三列插入一個(gè)“if”函數(shù)，當(dāng)?shù)诙兄禐椤皍p”時(shí)輸出“red”，否則輸出“green”，參數(shù)設(shè)置詳見下圖：

這樣C2單元格就會(huì)顯示為“red”，雙擊該單元格右下角，這樣C列就都按上面的規(guī)則填充好了，如下圖所示：

二、在作圖網(wǎng)站填入數(shù)據(jù)：

打開網(wǎng)站：https://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html

按照下方設(shè)置好參數(shù)，并將第一步準(zhǔn)備好的Excel表里的第一和第三列數(shù)據(jù)粘貼進(jìn)去（注意：Excel表的第一行和第二列都不用粘貼），點(diǎn)擊左下角的“exec”按鈕開始運(yùn)算。根據(jù)您提交的基因數(shù)量，等待一小段時(shí)間結(jié)果就出來了：

注釋到的代謝通路結(jié)果，按數(shù)量排序：

點(diǎn)擊其中的代謝通路鏈接，就能夠看出該代謝通路中哪些基因上調(diào)、哪些基因下調(diào)了。

好的，這樣差異基因的kegg注釋就完成了。掌握之后，便可在幾分鐘之內(nèi)做任意差異基因列表的kegg注釋圖而不用找公司了！

更多生物信息課程：

1. 文章越來越難發(fā)？是你沒發(fā)現(xiàn)新思路，基因家族分析發(fā)2-4分文章簡單快速，學(xué)習(xí)鏈接：基因家族分析實(shí)操課程、基因家族文獻(xiàn)思路解讀

2. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)理解不深入？圖表看不懂？點(diǎn)擊鏈接學(xué)習(xí)深入解讀數(shù)據(jù)結(jié)果文件，學(xué)習(xí)鏈接：轉(zhuǎn)錄組（有參）結(jié)果解讀；轉(zhuǎn)錄組（無參）結(jié)果解讀

3. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)深入挖掘技能-WGCNA，提升你的文章檔次，學(xué)習(xí)鏈接：WGCNA-加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析

4. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)怎么挖掘？學(xué)習(xí)鏈接：轉(zhuǎn)錄組標(biāo)準(zhǔn)分析后的數(shù)據(jù)挖掘、轉(zhuǎn)錄組文獻(xiàn)解讀

5.微生物16S/ITS/18S分析原理及結(jié)果解讀、OTU網(wǎng)絡(luò)圖繪制、cytoscape與網(wǎng)絡(luò)圖繪制課程

6. 生物信息入門到精通必修基礎(chǔ)課，學(xué)習(xí)鏈接：linux系統(tǒng)使用、perl入門到精通、perl語言高級(jí)、R語言畫圖

7. 醫(yī)學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)挖掘課程，不用做實(shí)驗(yàn)也能發(fā)文章，學(xué)習(xí)鏈接：TCGA-差異基因分析、GEO芯片數(shù)據(jù)挖掘、GSEA富集分析課程、TCGA臨床數(shù)據(jù)生存分析、TCGA-轉(zhuǎn)錄因子分析、TCGA-ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析

8.其他課程鏈接：二代測序轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)自主分析、NCBI數(shù)據(jù)上傳、二代測序數(shù)據(jù)解讀。